PDB-3n27: Molecular Basis of the Inhibition of Henipa Viruses

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n27

タイトル

Molecular Basis of the Inhibition of Henipa Viruses

要素

Fusion glycoprotein F0, linker, Fusion glycoprotein F0

キーワード

VIRAL PROTEIN / Fusion protein / Chimera protein / fusion inhibitor / antivirus agent

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Nipah virus (ウイルス)

Hendravirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Liu, J. / Lu, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular Basis of the Inhibition of Henipa Viruses
著者: Liu, J. / Lu, M.

履歴

登録	2010年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n27.cif.gz	101.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n27.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wp8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3coj-7 6u54-d 3coj-8 3coj-3 2wcw-2 1jek-1 3c30-d 1ipi-d 4ofb-d 4y18-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F0, linker, Fusion glycoprotein F0

B: Fusion glycoprotein F0, linker, Fusion glycoprotein F0

C: Fusion glycoprotein F0, linker, Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

26.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.392, 54.055, 134.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fusion glycoprotein F0, linker, Fusion glycoprotein F0 / Protein F / Protein F / Protein F / Fusion glycoprotein F2 / Fusion glycoprotein F1 分子量: 8783.772 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス), (組換発現) Hendravirus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9IH63
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: tert-Butanol 35% (v/v), sodium citrate 0.1M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97893 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→67.1 Å / Num. all: 20844 / Num. obs: 20844 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1645 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WP8

1wp8

解像度: 1.8→67.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 5.779 / SU ML: 0.09
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS groups assigned for each protein chain.
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24207	1073	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19383	-	-	-
all	0.1963	20844	-	-
obs	0.1963	20844	92.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→67.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1738	0	23	156	1917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.992	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.345	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.284	27.436	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.451	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.066	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.733	1.5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.094	2	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	3	700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.285	4.5	590

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	60	-
R_work	0.276	1110	-
obs	-	1170	73.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1589	8.2506	-4.4435	10.8117	-4.9555	4.3362	0.1757	-0.1551	0.0336	0.0177	-0.1514	-0.096	-0.1945	0.2378	-0.0243	-0.1714	0.0188	-0.0122	-0.1732	-0.0212	-0.239	7.416	10.56	15.013
2	5.9033	8.4716	-1.7039	20.8119	-3.8999	3.2654	0.0038	-0.0604	-0.0609	0.1257	-0.0352	-0.577	-0.2734	0.2944	0.0314	-0.2077	-0.0172	-0.0062	-0.061	-0.0112	-0.192	13.688	13.706	22.768
3	5.4351	4.9586	-4.2055	9.1679	-6.4006	6.128	-0.0384	0.3726	0.3466	-0.2542	0.3023	0.1582	-0.0778	-0.3833	-0.264	-0.1532	0.0371	-0.0072	-0.1721	-0.0159	-0.1866	-0.583	15.616	14.64
4	9.7347	7.6677	-5.5919	7.8955	-4.7527	4.7832	0.0097	0.2029	0.1203	-0.1727	0.1413	0.0939	-0.1032	-0.1304	-0.151	-0.096	0.0291	-0.0209	-0.1784	-0.0067	-0.2254	4.826	11.485	6.853
5	4.1031	6.59	-3.0488	15.4387	-6.5541	4.3458	0.0556	-0.0618	0.2319	-0.0361	0.0849	0.2012	-0.1846	0.0694	-0.1405	-0.2063	0.0122	-0.0067	-0.1587	-0.03	-0.208	4.416	12.21	24.43
6	4.1569	2.767	-2.701	15.7629	-11.392	11.905	0.1463	-0.0278	0.5222	0.1625	-0.0844	-0.0636	-0.5091	-0.1555	-0.0619	-0.1551	0.0405	0.0277	-0.1604	-0.038	-0.0864	-3.051	21.216	20.84

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	46 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	50 - 80

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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