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- PDB-3n25: The structure of muscle pyruvate kinase in complex with proline, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n25
タイトルThe structure of muscle pyruvate kinase in complex with proline, pyruvate, and Mn2+
要素Pyruvate kinase isozymes M1/M2
キーワードTRANSFERASE / pyruvate kinase / glycolysis / allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / PROLINE / PYRUVIC ACID / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Fenton, A.W. / Johnson, T.A. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: The pyruvate kinase model system, a cautionary tale for the use of osmolyte perturbations to support conformational equilibria in allostery.
著者: Fenton, A.W. / Johnson, T.A. / Holyoak, T.
履歴
登録2010年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
E: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
F: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
G: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
H: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,15086
ポリマ－464,8168
非ポリマー5,33578
水25,7071427
1
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,30646
ポリマ－232,4084
非ポリマー2,89842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25580 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area70800 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
F: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
G: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
H: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,84440
ポリマ－232,4084
非ポリマー2,43636
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24440 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area71250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.373, 108.747, 144.256
Angle α, β, γ (deg.)95.18, 93.38, 112.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Pyruvate kinase muscle isozyme


分子量: 58101.984 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 8種, 1505分子

#2: 化合物
ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SER401 TO ALA CONFLICT IN UNP ENTRY P11974. RESIDUES 29 AND 404 ARE CONFLICTS BETWEEN WHAT THE ...SER401 TO ALA CONFLICT IN UNP ENTRY P11974. RESIDUES 29 AND 404 ARE CONFLICTS BETWEEN WHAT THE AUTHORS SEE EVIDENCE FOR IN THE ELECTRON DENSITY AND THE DEPOSITED SEQUENCE P11974.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 5.5
詳細: 60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, 444 mM Proline and a range of 18 to 20% PEG 8000., hanging drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 146924 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.4930.504137991.097178.8
2.49-2.593.30.44151481.079186
2.59-2.73.40.354149961.045185.1
2.7-2.853.50.283148491.055184.6
2.85-3.023.50.22146541.01183.2
3.02-3.263.50.165144231.053182
3.26-3.583.50.118141861.031180.6
3.58-4.13.60.088138160.997178.7
4.1-5.173.50.07141781.039180.5
5.17-503.70.058168750.964196

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→36.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / WRfactor Rfree: 0.271 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.804 / SU B: 21.314 / SU ML: 0.23 / SU R Cruickshank DPI: 1.63 / SU Rfree: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 7394 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 146918 82.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.42 Å2 / Biso mean: 5.045 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.24 Å20.3 Å2
2---0.36 Å20.14 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→36.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31683 0 314 1427 33424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02233056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.97144621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.27554275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38123.9591407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.039156082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.23315259
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.25085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02124518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2691.520828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.497233623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.893312228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4824.510933
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 478 -
Rwork0.301 8680 -
all-9158 -
obs--70.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4922-0.18560.3460.6998-0.15210.6422-0.0134-0.04640.1273-0.0925-0.0373-0.0615-0.12350.04280.05070.0898-0.0804-0.03180.3064-0.02860.1931-9.92133.286-6.411
21.494-1.7976-0.47532.21620.54593.3374-0.0794-0.2909-0.48760.10170.30790.7367-0.5838-0.2016-0.22840.1762-0.04790.04770.48470.05210.628-46.09434.0113.962
31.3368-0.3042-0.47911.19750.14471.8761-0.05250.0316-0.1923-0.08930.08260.56520.1526-0.3429-0.03020.0738-0.0694-0.10510.3388-0.00860.3994-38.47825.216-5.117
40.6206-0.171-0.20030.9839-0.14910.94710.04990.06750.0142-0.2201-0.04710.0858-0.0155-0.0508-0.00280.1194-0.0516-0.09310.2779-0.04020.1468-12.58821.657-7.432
50.9879-0.4705-0.11952.524-0.68852.14710.09130.25080.1633-0.5084-0.1257-0.3166-0.00890.060.03440.2083-0.04450.03230.34640.01210.26334.80927.249-22.937
61.12350.2921-0.87571.0112-0.02181.34690.00960.2149-0.0021-0.296-0.0453-0.1796-0.00280.02740.03580.2241-0.036-0.01540.3741-0.01470.235921.899-14.536-23.324
77.9037-1.1059-0.53094.4951-1.08470.43330.0421-0.7436-1.07090.1021-0.377-0.93960.05320.40540.33490.22430.0329-0.0660.91580.22711.049643.652-31.9191.607
84.74871.0124-0.74560.52350.22260.67130.0034-0.1604-0.22670.00130.0897-0.2697-0.07230.3069-0.09310.2211-0.0743-0.03290.5719-0.02370.620438.134-9.599-9.343
90.2109-0.18740.02011.05160.04680.49830.06240.01640.0747-0.1985-0.0593-0.2368-0.02580.0715-0.00310.0923-0.06930.00190.3493-0.0340.193617.518-8.035-15.255
102.65-1.71130.47543.24140.15933.08840.31170.53780.1655-0.9249-0.249-0.29790.03810.1537-0.06260.42240.06010.08040.47530.03450.170513.9617.359-32.351
110.50830.2046-0.45560.4856-0.35750.63770.0309-0.08070.05980.0346-0.04820.1579-0.0442-0.03320.01730.0494-0.0671-0.04130.3002-0.0570.2056-20.51414.4625.104
123.6167-1.52192.52167.76371.40174.4514-0.41110.01830.7981-0.2724-0.08750.0277-1.1404-0.05890.49850.4445-0.1162-0.15530.4167-0.06840.5314-3.95947.74824.473
130.9164-0.23420.29270.58040.43711.3514-0.0238-0.16040.12280.1441-0.0272-0.0767-0.10590.2430.05090.1314-0.1235-0.08440.3598-0.06450.1802-0.99623.53729.091
140.3319-0.1758-0.0281.1654-0.06390.8556-0.0141-0.062-0.03370.051-0.03530.0435-0.00060.01730.04950.0587-0.084-0.04440.2821-0.04990.1562-13.0868.73320.137
151.2558-0.1752-0.91571.27440.17732.4376-0.0647-0.1509-0.24380.1142-0.00680.1420.27660.11840.07150.0927-0.09040.010.3087-0.03380.261-18.238-10.03730.516
160.65930.02-0.2442.8971-0.23240.7118-0.0071-0.0664-0.07190.42840.02370.02810.05260.1444-0.01660.1296-0.0482-0.07460.3832-0.03090.1719.384-32.9036.476
173.5569-0.2261-1.6482.6271-0.16932.52190.22620.3139-0.0698-0.6856-0.2452-0.0047-0.0975-0.08080.0190.3641-0.0184-0.12520.4158-0.09010.22355.932-45.139-29.039
180.8461-0.2978-0.06371.99140.15330.56940.00320.0494-0.1564-0.1393-0.04220.20610.0675-0.00030.0390.0788-0.0483-0.07280.2994-0.0450.14311.14-32.43-5.871
190.8304-0.8944-0.7691.63770.37541.0207-0.01280.0187-0.1069-0.0536-0.06740.16310.06070.03190.08010.06-0.0735-0.06240.3192-0.02450.1708-4.433-20.89411.582
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270.69090.12890.20070.4739-0.26110.4975-0.02760.1738-0.0314-0.0941-0.04830.12230.065-0.03910.07590.08-0.1021-0.06170.3305-0.05470.1957-61.142-2.31136.472
286.47462.2538-2.16777.71250.9232.8653-0.44320.2349-0.9580.5739-0.0965-0.05811.29490.030.53970.7092-0.06520.10120.4244-0.10340.5233-44.491-31.17841.807
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300.76710.56970.6951.32460.43480.9448-0.04580.14120.088-0.2241-0.0290.0321-0.09920.08080.07470.1663-0.0735-0.09470.32460.00010.1982-56.50521.49937.288
311.204-0.21070.45881.7477-0.08281.28260.1411-0.23560.01840.5648-0.1073-0.4475-0.03460.0646-0.03380.3408-0.1625-0.25260.3508-0.01290.2652-19.69131.22689.309
325.653-1.01924.49344.1636-1.56245.0625-0.11350.90280.74480.6215-0.513-0.6772-0.25650.8170.62650.2002-0.1778-0.01780.84730.08011.08585.52448.36766.095
333.15470.29670.57782.6131-2.50264.1173-0.17670.54720.55240.06690.049-0.86180.02620.60840.12770.1215-0.1752-0.19370.6876-0.07680.9843-0.83839.02870.803
340.70690.61010.06311.7635-0.12850.39530.11410.0122-0.16630.3385-0.1098-0.58460.0280.0703-0.00430.1754-0.0992-0.21160.3871-0.03290.3524-20.28424.44579.699
351.0430.09380.21674.8985-2.1062.19210.1129-0.3686-0.10931.0288-0.1547-0.42650.0740.07450.04180.6593-0.1953-0.33670.48970.02080.3198-27.8849.84398.074
360.89531.0968-0.48093.322-1.08781.71920.04960.017-0.22690.1228-0.0868-0.29110.05840.09040.03720.0697-0.0574-0.09270.3238-0.03020.1955-45.83-11.31866.432
372.03720.85810.61411.5302-0.24371.15890.10420.2002-0.02410.04530.11370.57340.0371-0.0849-0.21790.1251-0.1422-0.0270.3381-0.03090.3473-77.379-17.13167.4
381.51110.42680.19722.1567-0.07961.6894-0.018-0.03820.15130.2650.09520.47590.0509-0.3136-0.07720.1376-0.15770.03330.3349-0.00130.3695-77.749-11.14772.545
390.53240.39560.231.05570.00240.40580.082-0.0536-0.01440.2362-0.04850.03150.04910.0238-0.03350.1422-0.1152-0.06330.3002-0.01680.1619-54.78-4.89973.812
401.5397-0.1758-0.05473.6836-0.00794.54680.1393-0.2249-0.2280.801-0.1477-0.40880.22860.16880.00840.3651-0.1965-0.27540.40320.05130.3418-35.957-10.9189.535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2A113 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3A162 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4A257 - 464
5X-RAY DIFFRACTION5A465 - 530
6X-RAY DIFFRACTION6B11 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7B132 - 200
8X-RAY DIFFRACTION8B201 - 283
9X-RAY DIFFRACTION9B284 - 465
10X-RAY DIFFRACTION10B466 - 530
11X-RAY DIFFRACTION11C12 - 114
12X-RAY DIFFRACTION12C115 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13C208 - 309
14X-RAY DIFFRACTION14C310 - 472
15X-RAY DIFFRACTION15C473 - 530
16X-RAY DIFFRACTION16D10 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17D114 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18D215 - 390
19X-RAY DIFFRACTION19D391 - 466
20X-RAY DIFFRACTION20D467 - 530
21X-RAY DIFFRACTION21E10 - 104
22X-RAY DIFFRACTION22E105 - 148
23X-RAY DIFFRACTION23E149 - 249
24X-RAY DIFFRACTION24E250 - 464
25X-RAY DIFFRACTION25E465 - 530
26X-RAY DIFFRACTION26F11 - 26
27X-RAY DIFFRACTION27F27 - 124
28X-RAY DIFFRACTION28F128 - 215
29X-RAY DIFFRACTION29F216 - 413
30X-RAY DIFFRACTION30F414 - 530
31X-RAY DIFFRACTION31G11 - 122
32X-RAY DIFFRACTION32G130 - 170
33X-RAY DIFFRACTION33G171 - 238
34X-RAY DIFFRACTION34G239 - 464
35X-RAY DIFFRACTION35G465 - 530
36X-RAY DIFFRACTION36H11 - 73
37X-RAY DIFFRACTION37H74 - 188
38X-RAY DIFFRACTION38H190 - 248
39X-RAY DIFFRACTION39H249 - 468
40X-RAY DIFFRACTION40H469 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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