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- PDB-3n0h: hDHFR double mutant Q35S/N64F Trimethoprim Binary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0h
タイトルhDHFR double mutant Q35S/N64F Trimethoprim Binary Complex
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / double mutant human dihydrofolate reductase trimethoprim
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHOPRIM / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Cody, V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystallographic analysis reveals a novel second binding site for trimethoprim in active site double mutants of human dihydrofolate reductase.
著者: Cody, V. / Pace, J. / Piraino, J. / Queener, S.F.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2106
ポリマ－21,3421
非ポリマー8695
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.016, 84.016, 78.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-278-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 21341.545 Da / 分子数: 1 / 変異: Q35S, N64F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR, DHFRP1, pds5 / プラスミド: pds5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM K2HPO4, 60% AmSulfate, 3% ETOH, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54118 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月24日 / 詳細: MaxFlux
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54118 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34.54 Å / Num. all: 39906 / Num. obs: 15381 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1u72

1u72


解像度: 1.92→34.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 3.524 / SU ML: 0.105 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25104 766 5 %RANDOM
Rwork0.19781 ---
obs0.20044 14615 97.97 %-
all-15381 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 57 91 1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0221619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1162.0242194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7425189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13224.57170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52215288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.65158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2690.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1921.5941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06421533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3693678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9394.5661
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 37 -
Rwork0.241 1060 -
obs--94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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