PDB-3my0: Crystal structure of the ACVRL1 (ALK1) kinase domain bound to LDN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3my0

タイトル

Crystal structure of the ACVRL1 (ALK1) kinase domain bound to LDN-193189

要素

Serine/threonine-protein kinase receptor R3

キーワード

TRANSFERASE / Protein Kinase / Serine/threonine-protein kinase receptor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of endothelial cell differentiation / dorsal aorta morphogenesis / blood vessel maturation / positive regulation of epithelial cell differentiation / venous blood vessel development / transforming growth factor beta receptor activity / positive regulation of chondrocyte differentiation / lymphangiogenesis ...lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of endothelial cell differentiation / dorsal aorta morphogenesis / blood vessel maturation / positive regulation of epithelial cell differentiation / venous blood vessel development / transforming growth factor beta receptor activity / positive regulation of chondrocyte differentiation / lymphangiogenesis / BMP receptor complex / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / BMP receptor activity / endothelial tube morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of endothelial cell differentiation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / negative regulation of focal adhesion assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / activin receptor activity, type I / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / positive regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of BMP signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / transforming growth factor beta binding / negative regulation of endothelial cell migration / wound healing, spreading of epidermal cells / blood circulation / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / SMAD binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of DNA replication / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel remodeling / BMP signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / negative regulation of cell growth / cellular response to growth factor stimulus / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / heart development / angiogenesis / in utero embryonic development / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Alfano, I. / Cooper, C. / Mahajan, P. / Daga, N. / Sanvitale, C. / Fedorov, O. / Petrie, K. / Savitsky, P. / Gileadi, O. ...

引用

ジャーナル: Angiogenesis / 年: 2015
タイトル: A small molecule targeting ALK1 prevents Notch cooperativity and inhibits functional angiogenesis.
著者: Kerr, G. / Sheldon, H. / Chaikuad, A. / Alfano, I. / von Delft, F. / Bullock, A.N. / Harris, A.L.

履歴

登録	2010年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3my0.cif.gz	2.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3my0.ent.gz	2.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3my0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3my0_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3my0_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	3my0_validation.xml.gz	239.3 KB	表示
CIF形式データ	3my0_validation.cif.gz	315.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3my0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3my0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h9rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oxg-4 5oxg-1 3eta-2 3iau-2 4peh-5 6f2e-2 4g2y-d 7c3g-2 3bu3-d 6boj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

B: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

C: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

D: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

E: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

F: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

G: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

H: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

I: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

J: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

K: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

L: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

M: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

N: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

O: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

P: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

Q: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

R: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

S: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

T: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

U: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

V: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

W: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

X: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

845 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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35.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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3

C: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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4

D: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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5

E: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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6

F: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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7

G: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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8

H: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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9

I: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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10

J: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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11

K: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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12

L: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

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13

M: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

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14

N: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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15

O: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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16

P: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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17

Q: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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18

R: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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35.2 kDa, 1 ポリマー
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19

S: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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35.2 kDa, 1 ポリマー
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20

T: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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21

U: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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22

V: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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23

W: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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35.2 kDa, 1 ポリマー
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24

X: Serine/threonine-protein kinase receptor R3

ヘテロ分子

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35.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.770, 118.770, 510.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	... Serine/threonine-protein kinase receptor R3 / SKR3 / Activin receptor-like kinase 1 / ALK-1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I 分子量: 34808.719 Da / 分子数: 24 / 断片: kinase domain (UNP residue 195-497) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVRL1, ACVRL1 (ALK1), ACVRLK1, ALK1 / プラスミド: pFB-LIC-Bse / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P37023, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物	... ChemComp-LDN / 4-[6-(4-piperazin-1-ylphenyl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]quinoline / LDN-193189 分子量: 406.482 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₂N₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 3350, 0.2M Na/K PO4, 5% ethylene glycol, 2% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9779 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月15日 / 詳細: two K-B pairs of bimorph type mirrors

放射

モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9779 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.357
1	1	h+k,-k,-l	2	0.147
1	1	-h,-k,l	3	0.352
1	1	h,-h-k,-l	4	0.145

反射

解像度: 2.65→58.99 Å / Num. all: 233884 / Num. obs: 233740 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 56 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 34027 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0066	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H9R

3h9r

解像度: 2.65→58.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 14.462 / SU ML: 0.151 / SU R_free: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24707	12110	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20701	-	-	-
obs	0.2091	221623	99.71 %	-
all	-	233740	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.583 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→58.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53061	0	744	126	53931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	55226
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	35975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.27	1.955	75354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3.002	86711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	5	6867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.2	23.236	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.571	15	8241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.965	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	8411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	61833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	11357

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2048	tight positional	0.05	0.05
1	1	B	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	C	2048	tight positional	0.03	0.05
1	1	D	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	E	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	F	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	G	2048	tight positional	0.03	0.05
1	1	H	2048	tight positional	0.08	0.05
1	1	I	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	J	2048	tight positional	0.02	0.05
1	1	K	2048	tight positional	0.02	0.05
1	1	L	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	M	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	N	2048	tight positional	0.05	0.05
1	1	O	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	P	2048	tight positional	0.02	0.05
1	1	Q	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	R	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	S	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	T	2048	tight positional	0.03	0.05
1	1	U	2048	tight positional	0.04	0.05
1	1	V	2048	tight positional	0.03	0.05
1	1	W	2048	tight positional	0.03	0.05
1	1	X	2048	tight positional	0.02	0.05
2	2	A	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	C	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	D	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	E	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	F	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	G	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	H	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	I	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	J	362	tight positional	0.02	0.05
2	2	K	362	tight positional	0.02	0.05
2	2	L	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	M	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	N	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	O	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	P	362	tight positional	0.02	0.05
2	2	Q	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	R	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	S	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	T	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	U	362	tight positional	0.03	0.05
2	2	V	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	W	362	tight positional	0.04	0.05
2	2	X	362	tight positional	0.02	0.05
3	3	A	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	B	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	D	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	E	71	tight positional	0.05	0.05
3	3	F	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	G	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	H	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	I	71	tight positional	0.05	0.05
3	3	J	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	K	71	tight positional	0.02	0.05
3	3	L	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	M	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	N	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	O	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	P	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	Q	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	R	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	S	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	T	71	tight positional	0.04	0.05
3	3	U	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	V	71	tight positional	0.05	0.05
3	3	W	71	tight positional	0.03	0.05
3	3	X	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	A	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	I	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	B	71	tight positional	0.03	0.05
4	4	E	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	F	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	G	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	K	71	tight positional	0.02	0.05
4	4	T	71	tight positional	0.03	0.05
4	4	L	71	tight positional	0.03	0.05
4	4	M	71	tight positional	0.03	0.05
4	4	Q	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	R	71	tight positional	0.04	0.05
4	4	U	71	tight positional	0.03	0.05
4	4	W	71	tight positional	0.03	0.05
4	4	X	71	tight positional	0.02	0.05
5	5	C	202	tight positional	0.03	0.05
5	5	D	202	tight positional	0.03	0.05
5	5	H	202	tight positional	0.03	0.05
5	5	N	202	tight positional	0.03	0.05
5	5	O	202	tight positional	0.03	0.05
5	5	S	202	tight positional	0.03	0.05
6	6	C	98	tight positional	0.04	0.05
6	6	D	98	tight positional	0.06	0.05
6	6	N	98	tight positional	0.05	0.05
6	6	O	98	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	2048	tight thermal	5.06	0.5
1	1	B	2048	tight thermal	7.14	0.5
1	1	C	2048	tight thermal	3.88	0.5
1	1	D	2048	tight thermal	4.39	0.5
1	1	E	2048	tight thermal	4.34	0.5
1	1	F	2048	tight thermal	4.79	0.5
1	1	G	2048	tight thermal	5.72	0.5
1	1	H	2048	tight thermal	4.68	0.5
1	1	I	2048	tight thermal	7.27	0.5
1	1	J	2048	tight thermal	18.16	0.5
1	1	K	2048	tight thermal	20.77	0.5
1	1	L	2048	tight thermal	5.11	0.5
1	1	M	2048	tight thermal	5.31	0.5
1	1	N	2048	tight thermal	7.68	0.5
1	1	O	2048	tight thermal	4.2	0.5
1	1	P	2048	tight thermal	17.79	0.5
1	1	Q	2048	tight thermal	4.86	0.5
1	1	R	2048	tight thermal	4.36	0.5
1	1	S	2048	tight thermal	6.81	0.5
1	1	T	2048	tight thermal	3.96	0.5
1	1	U	2048	tight thermal	4.73	0.5
1	1	V	2048	tight thermal	4.61	0.5
1	1	W	2048	tight thermal	4.51	0.5
1	1	X	2048	tight thermal	20.95	0.5
2	2	A	362	tight thermal	3.28	0.5
2	2	B	362	tight thermal	3.2	0.5
2	2	C	362	tight thermal	4.59	0.5
2	2	D	362	tight thermal	8.73	0.5
2	2	E	362	tight thermal	5.38	0.5
2	2	F	362	tight thermal	5.81	0.5
2	2	G	362	tight thermal	5.09	0.5
2	2	H	362	tight thermal	3.6	0.5
2	2	I	362	tight thermal	8.43	0.5
2	2	J	362	tight thermal	13.01	0.5
2	2	K	362	tight thermal	17.45	0.5
2	2	L	362	tight thermal	4.63	0.5
2	2	M	362	tight thermal	5.4	0.5
2	2	N	362	tight thermal	7.38	0.5
2	2	O	362	tight thermal	3.76	0.5
2	2	P	362	tight thermal	16.39	0.5
2	2	Q	362	tight thermal	3.9	0.5
2	2	R	362	tight thermal	3.66	0.5
2	2	S	362	tight thermal	7.19	0.5
2	2	T	362	tight thermal	3.14	0.5
2	2	U	362	tight thermal	6.26	0.5
2	2	V	362	tight thermal	5.61	0.5
2	2	W	362	tight thermal	4.49	0.5
2	2	X	362	tight thermal	21.17	0.5
3	3	A	71	tight thermal	5.55	0.5
3	3	B	71	tight thermal	3.61	0.5
3	3	C	71	tight thermal	4.65	0.5
3	3	D	71	tight thermal	9.2	0.5
3	3	E	71	tight thermal	5.35	0.5
3	3	F	71	tight thermal	4.77	0.5
3	3	G	71	tight thermal	3.55	0.5
3	3	H	71	tight thermal	2.99	0.5
3	3	I	71	tight thermal	8.3	0.5
3	3	J	71	tight thermal	16.06	0.5
3	3	K	71	tight thermal	17.34	0.5
3	3	L	71	tight thermal	3.92	0.5
3	3	M	71	tight thermal	8.08	0.5
3	3	N	71	tight thermal	8.9	0.5
3	3	O	71	tight thermal	3.87	0.5
3	3	P	71	tight thermal	20.01	0.5
3	3	Q	71	tight thermal	4.46	0.5
3	3	R	71	tight thermal	4.37	0.5
3	3	S	71	tight thermal	8.52	0.5
3	3	T	71	tight thermal	2.05	0.5
3	3	U	71	tight thermal	2.89	0.5
3	3	V	71	tight thermal	4.81	0.5
3	3	W	71	tight thermal	4.72	0.5
3	3	X	71	tight thermal	22.44	0.5
4	4	A	71	tight thermal	4.7	0.5
4	4	I	71	tight thermal	5.03	0.5
4	4	B	71	tight thermal	4.4	0.5
4	4	E	71	tight thermal	2.16	0.5
4	4	F	71	tight thermal	4.5	0.5
4	4	G	71	tight thermal	8.83	0.5
4	4	K	71	tight thermal	18.52	0.5
4	4	T	71	tight thermal	2.8	0.5
4	4	L	71	tight thermal	4.07	0.5
4	4	M	71	tight thermal	1.92	0.5
4	4	Q	71	tight thermal	3.39	0.5
4	4	R	71	tight thermal	4.16	0.5
4	4	U	71	tight thermal	9.39	0.5
4	4	W	71	tight thermal	4.11	0.5
4	4	X	71	tight thermal	8.47	0.5
5	5	C	202	tight thermal	4.21	0.5
5	5	D	202	tight thermal	2.3	0.5
5	5	H	202	tight thermal	4.18	0.5
5	5	N	202	tight thermal	4.33	0.5
5	5	O	202	tight thermal	2.18	0.5
5	5	S	202	tight thermal	4.5	0.5
6	6	C	98	tight thermal	1.5	0.5
6	6	D	98	tight thermal	6.7	0.5
6	6	N	98	tight thermal	8.69	0.5
6	6	O	98	tight thermal	3.49	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.649→2.717 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	844	-
R_work	0.258	15879	-
obs	-	-	96.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5634	0.0717	0.074	0.9785	-0.0292	0.8925	-0.089	0.0758	0.0732	-0.0292	0.0255	0.1237	-0.0248	-0.0783	0.0635	0.2648	0.0072	0.0155	0.2714	-0.0119	0.142	48.5422	-55.8181	-29.5438
2	0.2499	-0.097	-0.252	1.1665	-0.2394	0.6903	-0.0479	0.091	-0.029	-0.0569	0.0254	-0.0366	-0.1606	-0.0314	0.0225	0.3527	-0.0198	0.0311	0.3099	-0.0399	0.152	62.1519	-17.0451	-16.3625
3	1.3595	-0.2633	0.1511	1.336	0.1523	1.1633	-0.0408	0.122	0.0077	-0.0356	-0.0576	0.1684	0.0316	-0.0658	0.0984	0.2712	-0.0042	0.0077	0.226	0.0006	0.0883	46.6819	15.4036	-15.0156
4	0.6989	-0.1033	-0.2402	0.8166	-0.0855	0.9119	0.0312	-0.0584	-0.0984	0.0894	-0.0293	0.0663	-0.0075	-0.0177	-0.0019	0.225	0.0307	-0.0094	0.2738	0.0232	0.1149	38.0087	-35.9063	-71.0859
5	0.2639	-0.2524	-0.5182	1.0903	0.3024	1.0662	0.0188	-0.035	0.0086	0.0548	-0.0046	-0.0698	-0.0799	0.0778	-0.0142	0.2506	-0.0157	-0.0279	0.2613	0.0001	0.1043	3.0582	-54.2824	-30.4402
6	0.5213	0.1305	0.2775	0.675	0.0187	1.7093	0.0615	0.0296	0.1966	-0.032	-0.0507	-0.061	-0.2406	0.1978	-0.0108	0.244	0.0005	0.0326	0.3651	-0.013	0.2023	74.5027	-38.6905	-56.1537
7	0.7779	-0.3115	-0.6221	1.3198	0.2953	1.6385	-0.0427	0.0303	-0.1152	-0.0528	-0.0456	-0.0032	0.0242	-0.0242	0.0882	0.1659	-0.0031	0.0147	0.1246	-0.0147	0.0204	3.3273	14.2867	-30.106
8	1.1611	-0.0324	-0.3422	0.9893	-0.2905	1.3244	0.0422	-0.0335	-0.0426	0.0286	-0.009	0.1109	0.0186	-0.0899	-0.0333	0.2526	0.0088	-0.041	0.2932	0.0184	0.0921	34.7518	34.8252	-56.3891
9	0.9898	-0.5743	-0.0959	1.1666	0.3276	1.6521	-0.0179	0.0214	0.0383	0.0314	-0.0713	0.0516	0.0036	0.0036	0.0892	0.1436	0.0026	0.0216	0.138	-0.0152	0.0152	16.7088	-7.1885	-69.4625
10	0.8718	0.0643	-0.3146	0.0088	-0.0232	0.1136	-0.0063	0.0757	-0.0516	-0.0008	-0.0137	-0.0481	0.0014	-0.0315	0.0201	0.6272	0.0393	-0.003	0.6	-0.0042	0.5719	94.6283	1.4269	-55.0026
11	0.3657	0.1836	0.3052	0.2804	0.097	0.2751	-0.0314	0.0932	0.0718	-0.0212	-0.0085	0.0198	-0.0224	0.0581	0.04	0.6478	0.0203	0.0227	0.5884	-0.0229	0.6812	-12.1823	-17.3113	-15.0041
12	0.9801	-0.279	-0.0417	0.7256	0.4392	0.5964	-0.0251	-0.0473	-0.0131	-0.1217	0.0041	0.1458	-0.0576	-0.1126	0.021	0.326	0.0112	0.0027	0.2752	0.0295	0.1095	47.5559	-13.0348	28.7471
13	0.2225	0.4719	0.167	1.0185	0.2326	1.1217	-0.03	-0.0134	0.0434	-0.0509	-0.0416	0.0903	-0.0367	-0.0811	0.0716	0.2691	0.0389	0.0164	0.2532	-0.0371	0.0707	61.6033	-51.5844	15.333
14	1.5528	0.4688	-0.0639	1.293	0.1354	1.5385	0.0302	-0.1622	0.0654	0.0293	-0.1426	0.1247	0.0375	-0.0975	0.1124	0.1301	-0.006	0.0054	0.1904	-0.0216	0.019	46.769	-84.3145	14.2735
15	0.9433	-0.1209	0.3791	0.9818	-0.0791	1.2343	0.0671	0.0314	0.0872	-0.1348	-0.1014	0.0902	-0.006	-0.0842	0.0343	0.2849	-0.0552	0.0358	0.3439	0.0085	0.1632	37.113	-32.951	70.0913
16	0.0398	-0.0358	0.1385	0.041	-0.1408	0.5224	0.0085	-0.055	0.0129	0.0113	-0.0173	-0.0092	0.0713	-0.0536	0.0088	0.6166	-0.0167	0.0073	0.5878	-0.0105	0.6134	2.9663	-14.2975	29.2439
17	0.7357	0.0707	-0.4045	0.7926	0.3265	1.4953	-0.0155	-0.002	-0.1018	-0.0085	0.0236	0.0192	0.0606	0.1265	-0.0081	0.232	-0.0144	-0.0052	0.2994	-0.0039	0.1322	73.5057	-29.8685	55.2581
18	0.4215	0.0174	0.4344	0.9139	0.0493	1.4197	-0.0144	-0.1174	0.073	0.0585	0.0142	-0.0735	0.0727	0.1347	0.0002	0.3188	0.0078	0.0091	0.2843	-0.0141	0.1005	3.7473	-83.7855	29.26
19	2.0334	0.1582	0.4335	1.1787	-0.682	1.9178	0.0045	0.0749	0.1956	-0.0914	-0.0881	-0.0044	-0.0741	0.1464	0.0836	0.1566	-0.0011	0.0242	0.1519	0.003	0.0247	34.9275	-104.0634	55.3356
20	0.6522	0.2367	-0.1229	0.9978	0.2054	1.3584	-0.0262	0.0837	-0.1004	-0.0412	0.0046	0.1237	-0.0425	0.0951	0.0217	0.2511	-0.0427	-0.0321	0.3517	-0.042	0.1624	16.6706	-62.3341	68.7042
21	1.0396	-0.2924	-0.0601	1.3207	-0.3455	1.295	0.0392	0.0117	0.0369	-0.0184	-0.075	0.0263	-0.059	-0.0557	0.0358	0.2447	-0.0218	0.0104	0.251	-0.0118	0.1261	95.0706	-70.1571	55.181
22	1.5384	0.1361	-0.5455	1.0597	0.0843	0.877	0.0179	-0.1082	-0.01	0.0367	-0.0254	0.0431	-0.0434	0.0613	0.0074	0.2921	-0.0007	0.003	0.2203	0.0165	0.1142	-12.0492	-51.3421	15.1556
23	0.4813	-0.3747	-0.1377	0.928	0.4126	1.107	-0.007	0.0421	-0.0382	0.0052	-0.0633	-0.004	0.068	-0.0538	0.0702	0.228	-0.0026	0.0243	0.3016	-0.0106	0.1613	74.698	27.2999	-69.1459
24	0.1442	0.1615	-0.0785	0.1907	-0.0853	0.0788	-0.0427	0.0568	0.0406	-0.0952	-0.0028	0.0555	-0.0987	0.0366	0.0455	0.6689	-0.0076	-0.0376	0.7169	0.0049	0.6585	73.8963	-96.2279	69.7133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	196 - 493
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	196 - 493
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	196 - 493
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	196 - 493
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	196 - 493
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	196 - 493
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	196 - 493
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	196 - 493
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	196 - 493
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	196 - 493
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	196 - 493
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	196 - 493
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	196 - 493
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	196 - 493
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	196 - 493
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	196 - 493
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	196 - 493
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	196 - 493
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	196 - 493
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	196 - 493
21	X-RAY DIFFRACTION	21	U	196 - 493
22	X-RAY DIFFRACTION	22	V	196 - 493
23	X-RAY DIFFRACTION	23	W	196 - 493
24	X-RAY DIFFRACTION	24	X	196 - 493

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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