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- PDB-3mx1: The structure of GIY-YIG endonuclease R.Eco29kI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mx1
タイトルThe structure of GIY-YIG endonuclease R.Eco29kI
要素Eco29kIR
キーワードHYDROLASE / type II restriction endonuclease / GIY-YIG endonuclease
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Eco29kI / Eco29kI restriction endonuclease / identical protein binding / Eco29kIR
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mak, A.N.S. / Lambert, A.R. / Stoddard, B.L.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Folding, DNA Recognition, and Function of GIY-YIG Endonucleases: Crystal Structures of R.Eco29kI.
著者: Mak, A.N. / Lambert, A.R. / Stoddard, B.L.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1992
タイトル: Eco29kI, a novel plasmid encoded restriction endonuclease from Escherichia coli.
著者: Pertzev, A.V. / Ruban, N.M. / Zakharova, M.V. / Beletzkaja, I.V. / Petrov, S.I. / Kravetz, A.N. / Solonin, A.S.
履歴
登録2010年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eco29kIR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7931
ポリマ－26,7931
非ポリマー00
水3,063170
1
A: Eco29kIR

A: Eco29kIR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5862
ポリマ－53,5862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3410 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.906, 90.074, 88.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Eco29kIR / Restriction endonuclease


分子量: 26792.988 Da / 分子数: 1 / 変異: E142Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eco29kIR / プラスミド: pET-15HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS
参照: UniProt: Q46944, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl, 1.5M NaCl, 10% ethanol v/v, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.111
シンクロトロンALS 5.0.220.9801, 0.9802, 0.975
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年7月29日
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年10月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2single crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.98011
30.98021
40.9751
反射解像度: 2.3→62.91 Å / Num. all: 15893 / Num. obs: 15078 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 18.35
反射 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Phase information by PHENIX

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 10.695 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22781 791 5 %RANDOM
Rwork0.18285 ---
obs0.18507 15078 98.82 %-
all-15893 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 0 170 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0211689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9511.9282285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6595207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55722.38184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52215256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8271514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2791.51023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34621630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.383666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2914.5655
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 50 -
Rwork0.196 1035 -
obs--92.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.0849 Å / Origin y: -28.6984 Å / Origin z: -5.2304 Å
111213212223313233
T0.2605 Å20.0895 Å20.0245 Å2-0.1151 Å20.0065 Å2--0.1441 Å2
L0.9659 °2-0.0543 °20.3847 °2-0.6279 °20.4883 °2--4.0157 °2
S-0.0947 Å °-0.0395 Å °0.2065 Å °-0.0746 Å °0.103 Å °-0.0059 Å °-1.006 Å °-0.3126 Å °-0.0083 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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