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- PDB-3nic: DNA binding and cleavage by the GIY-YIG endonuclease R.Eco29kI in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nic
タイトルDNA binding and cleavage by the GIY-YIG endonuclease R.Eco29kI inactive variant Y49F
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
  • Eco29kIR
キーワードHYDROLASE/DNA / type II restriction endonuclease / GIY-YIG endonuclease / DNA-bound / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Eco29kI / Eco29kI restriction endonuclease / identical protein binding / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Eco29kIR
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mak, A.N.S. / Lambert, A.R. / Stoddard, B.L.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Folding, DNA Recognition, and Function of GIY-YIG Endonucleases: Crystal Structures of R.Eco29kI.
著者: Mak, A.N. / Lambert, A.R. / Stoddard, B.L.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1992
タイトル: Eco29kI, a novel plasmid encoded restriction endonuclease from Escherichia coli.
著者: Pertzev, A.V. / Ruban, N.M. / Zakharova, M.V. / Beletzkaja, I.V. / Petrov, S.I. / Kravetz, A.N. / Solonin, A.S.
履歴
登録2010年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Eco29kIR
B: Eco29kIR
C: Eco29kIR
D: Eco29kIR
E: Eco29kIR
F: Eco29kIR
G: Eco29kIR
H: Eco29kIR
M: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
N: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
O: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,45127
ポリマ－268,40616
非ポリマー1,04511
水8,395466
1
A: Eco29kIR
H: Eco29kIR
M: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
N: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3877
ポリマ－67,1024
非ポリマー2853
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12710 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
2
B: Eco29kIR
D: Eco29kIR
K: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4818
ポリマ－67,1024
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12850 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
3
C: Eco29kIR
G: Eco29kIR
I: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1975
ポリマ－67,1024
非ポリマー951
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11930 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
4
E: Eco29kIR
F: Eco29kIR
O: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3877
ポリマ－67,1024
非ポリマー2853
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.870, 101.346, 142.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12B
22A
32C
42D
52E
62F
72G
82H
13C
23A
33B
43D
53E
63F
73G
83H
14D
24A
34B
44C
54E
64F
74G
84H
15E
25A
35B
45C
55D
65F
75G
85H
16F
26A
36B
46C
56D
66E
76G
86H
17G
27A
37B
47C
57D
67E
77F
87H
18H
28A
38B
48C
58D
68E
78F
88G
19I
29K
39M
49O
110K
210I
310M
410O
111M
211I
311K
411O
112O
212I
312K
412M
113J
213L
313N
413P
114L
214J
314N
414P
115N
215J
315L
415P
116P
216J
316L
416N

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16

-
要素

#1: タンパク質
Eco29kIR / Restriction endonuclease


分子量: 26793.996 Da / 分子数: 8 / 変異: Y49F, L69K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 29k / 遺伝子: eco29kIR / プラスミド: pET-15HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS
参照: UniProt: Q46944, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3')


分子量: 6781.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 6732.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 2M ammonium sulphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate trihydrate11
2ammonium sulphate11
3sodium acetate trihydrate12
4ammonium sulphate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月27日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 65980 / Num. obs: 62596 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 13.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 18.69
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 4.36 / Num. unique all: 6405 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DNA-bound-L69K-E142Q-R.Eco29kI

解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 34.794 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27856 3347 5.1 %RANDOM
Rwork0.20641 ---
obs0.20996 62596 99.5 %-
all-65980 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1 Å2-0 Å20.61 Å2
2---3.51 Å2-0 Å2
3---7.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13150 3608 55 466 17279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02117621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9712.20124637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.22451666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97122.602665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.836152019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.81315103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.58293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.223213227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54739328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4864.511410
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A797medium positional0.320.5
12B797medium positional0.320.5
13C797medium positional0.290.5
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114O453medium thermal0.372
121O453medium thermal0.372
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164N449medium thermal0.352
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 238 -
Rwork0.271 4343 -
obs-6405 94.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21660.2325-0.39831.54530.2660.8383-0.01190.2886-0.1001-0.12670.03470.1090.118-0.1412-0.02270.1375-0.014-0.04620.17220.02030.219163.2135-71.9238-4.752
23.5430.5277-0.23552.22160.37090.76630.00210.1911-0.0287-0.02610.00540.12610.1359-0.1132-0.00750.1476-0.0235-0.0220.14990.01740.129639.4669-46.484862.5222
32.53730.4299-0.6092.06350.34181.02430.00010.245-0.0427-0.19420.0801-0.131-0.02780.0052-0.08020.11010.0203-0.04910.1375-0.01610.14526.7699-50.2794-7.4515
43.28290.3218-0.44972.9360.3291.94080.0675-0.3201-0.09910.3381-0.14390.59190.1689-0.33780.07640.2077-0.07530.01610.2724-0.0860.202516.9716-48.476671.7927
51.9226-0.8733-0.14332.5644-0.19241.88790.09180.18750.0557-0.56620.0454-0.08560.05840.085-0.13720.2008-0.0101-0.02550.1880.02110.1531-14.6928-73.14656.6723
62.2464-0.3107-0.39582.06-0.19371.2394-0.0022-0.27510.0040.14230.07590.18120.0322-0.0271-0.07370.1005-0.0176-0.04810.10210.02290.1952-30.9927-75.590674.5127
72.52340.7688-0.0782.72240.12811.55730.0999-0.25010.06050.4868-0.05070.11590.0035-0.0938-0.04920.18470.0149-0.01240.1977-0.02110.0945-9.5474-47.742110.4339
83.34130.0507-0.25942.18840.31331.6709-0.0125-0.317-0.13270.4182-0.05060.45060.1891-0.31090.0630.1998-0.05070.01740.2506-0.06620.34840.9866-73.78824.5922
94.8815-0.3697-1.09263.2187-2.80683.3371-0.12420.16210.1058-0.0484-0.0860.1181-0.24190.00040.21010.3026-0.0236-0.13430.1921-0.08310.393449.9396-63.0221-0.5563
104.97470.93011.53945.11992.96194.46990.0626-0.19650.1450.35220.0608-0.21360.0437-0.2681-0.12340.19690.0027-0.01030.21040.05530.220250.871-62.92150.5003
118.4598-1.96264.14765.0469-3.56647.89610.12320.2483-0.0467-0.0584-0.1295-0.15020.25720.38910.00620.1970.0290.020.1952-0.02060.272-0.8284-39.19130.5864
126.89741.16872.53985.28092.2157.90120.0426-0.1059-0.38610.12390.02710.2407-0.0487-0.276-0.06970.1996-0.02260.06340.1601-0.00660.23350.7983-39.24511.5898
134.76350.0338-1.14523.2784-3.13833.2794-0.14580.01260.2272-0.05890.0572-0.10820.0362-0.09510.08850.30920.0255-0.0980.144-0.08730.289326.1789-37.646667.4078
143.77380.60230.66494.61081.68374.7947-0.0573-0.25810.22330.29370.12210.1004-0.0403-0.2407-0.06470.13740.0214-0.02360.2186-0.01910.255427.0337-37.541368.2447
158.88661.09973.77645.44743.51048.48860.2293-0.3964-0.8637-0.03960.2209-0.20660.0427-0.2738-0.45020.2113-0.0740.01930.13760.06250.3517-22.7607-64.482967.2998
164.5293-1.8088-0.3044.7004-2.77855.6679-0.04390.0341-0.46480.02920.2546-0.0992-0.51870.3528-0.21060.2205-0.033-0.01960.2116-0.04080.3025-24.3845-64.58366.4209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999
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9X-RAY DIFFRACTION9M-10 - 9999
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15X-RAY DIFFRACTION15O-10 - 9999
16X-RAY DIFFRACTION16P-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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