+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g2u | ||||||
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Title | Crystal Structure Analysis of Ostertagia ostertagi ASP-1 | ||||||
Components | Ancylostoma-secreted protein-like protein | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / CAP protein / SCP/TAPS protein / CRISP / activation-associated secreted protein | ||||||
Function / homology | Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ancylostoma-secreted protein-like protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Ostertagia ostertagi (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Weeks, S.D. / Borloo, J. / Geldhof, P. / Vercruysse, J. / Strelkov, S.V. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: Structure of Ostertagia ostertagi ASP-1: insights into disulfide-mediated cyclization and dimerization Authors: Borloo, J. / Geldhof, P. / Peelaers, I. / Van Meulder, F. / Ameloot, P. / Callewaert, N. / Vercruysse, J. / Claerebout, E. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g2u.cif.gz | 189.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g2u.ent.gz | 150.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g2u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4g2u_validation.pdf.gz | 463.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4g2u_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | Display | |
Data in XML | 4g2u_validation.xml.gz | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4g2u_validation.cif.gz | 32.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3nt8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24495.814 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 20-236 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GalGlcNAcMan5 glycoform assured through use of pGlycoSwitchGalT-1 vector (Jacobs et al., 2009) Source: (gene. exp.) Ostertagia ostertagi (invertebrata) / Gene: ASP-1, OSP-2 / Plasmid: pPIC9 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / Strain (production host): GnM5 / References: UniProt: Q8T8F4 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Sugar | ChemComp-NAG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.45 % / Mosaicity: 0 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100mM Bis-Tris, 100mM ammonium sulfate, 25% PEG-3350, pH 6.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→35.835 Å / Num. all: 37078 / Num. obs: 37078 / % possible obs: 91.7 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.15 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NT8 Resolution: 1.85→35.835 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / Phase error: 26.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.228 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.79 Å2 / Biso mean: 28.0384 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→35.835 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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