PDB-3mwu: Activated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwu

タイトル

Activated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium parvum (CpCDPK1) in complex with bumped kinase inhibitor RM-1-95

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / bumped kinase inhibitor / BKI / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from C. parvum and T. gondii.
著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / ...

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwu.cif.gz	205.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwu.ent.gz	162.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mwu_validation.pdf.gz	785 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mwu_full_validation.pdf.gz	792.4 KB	表示
XML形式データ	3mwu_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3mwu_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n51C 3ncgC 3igoS 3i79 3i7b 3i7c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y5q-d 5b5r-d 3ncg-d 1t44-d 1c0f-d 3a5o-d 5of1-d 1d4x-d 3cip-d 2efd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.020, 55.970, 82.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 分子量: 56152.793 Da / 分子数: 1 / 断片: CpCDPK1 変異: N-terminal 69 residues replaced with His tag and linker 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: CDPK1, cgd3_920 / プラスミド: PET15MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A3FQ16, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BK3 / 3-(naphthalen-1-ylmethyl)-1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 372.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: 27% PEG 3350, 0.27 M ammonium tartrate (pH 7.0), 6% PEG 400, 5 mM TCEP, 4 mM MgCl2, 2 mM CaCl2, 2 mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→58.03 Å / Num. obs: 36138 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.71 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 11.1548
反射シェル	解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 3.67 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	CCP4_3.3.15	データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0106	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
REFMAC	5.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3IGO, PROTEIN ONLY

3igo

解像度: 1.98→42.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU B: 8.394 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	1808	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	36121	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0.78 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→42.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3607	0	32	125	3764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.979	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3.002	6395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.58	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.227	24.481	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.233	15	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.531	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.011	4	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.601	4	915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.257	6	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.704	6	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.549	10	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	76	-
R_work	0.266	1662	-
obs	-	-	99.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5399	1.7032	-0.9284	1.228	-0.2217	1.7091	0.0225	0.0364	0.077	-0.0418	-0.03	-0.1133	-0.1161	0.0494	0.0075	0.08	0.0047	-0.0152	0.0478	0.0082	0.0423	24.8635	11.771	8.8932
2	4.607	0.016	0.5965	5.4694	1.6621	4.208	0.0625	0.1893	0.0011	-0.2456	-0.077	0.3567	-0.0224	-0.401	0.0145	0.0051	-0.0235	-0.0058	0.1113	-0.0325	0.085	1.0564	5.4091	8.5952
3	3.635	0.6955	-0.7768	4.5247	-2.7815	5.5213	-0.0894	-0.2023	-0.1241	0.3229	-0.4344	-0.8144	0.116	0.8484	0.5238	0.3258	-0.0192	-0.0461	0.2161	0.065	0.1808	27.5435	3.0484	34.588
4	12.4293	1.5267	4.3928	16.7899	-0.9076	17.9644	-0.3367	-2.0873	1.1301	2.3223	-0.0899	-1.1219	-2.1018	0.5088	0.4266	0.62	-0.0447	-0.2294	0.7926	-0.1365	0.4969	49.5899	17.4156	25.8256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	234 - 338
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	339 - 465
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	466 - 536

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関連情報:EMDBヘッダ

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