+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mty | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Comparison of the character and the speed of X-ray-induced structural changes of porcine pancreatic elastase at two temperatures, 100 and 15K. The data set was collected from region A of the crystal. First step of radiation damage | ||||||
![]() | Chymotrypsin-like elastase family member 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / radiation damage / disulfide bridge / atomic resolution | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petrova, T. / Ginell, S. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Hazemann, I. / Podjarny, A. / Joachimiak, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray-induced deterioration of disulfide bridges at atomic resolution. 著者: Petrova, T. / Ginell, S. / Mitschler, A. / Kim, Y. / Lunin, V.Y. / Joachimiak, G. / Cousido-Siah, A. / Hazemann, I. / Podjarny, A. / Lazarski, K. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 105.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mnbC ![]() 3mncC ![]() 3mnsC ![]() 3mnxC ![]() 3mo3C ![]() 3mo6C ![]() 3mo9C ![]() 3mocC ![]() 3mu0C ![]() 3mu1C ![]() 3mu4C ![]() 3mu5C ![]() 3mu8C ![]() 3oddC ![]() 3odfC ![]() 1gvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The initial concentration of the protein was 20 mg/ml in 10% glycerol solution. The reservoir contained a 250 mM Na2SO4. For cryo-protection, it was supplemented with 25% glycerol, pH 7.5, ...詳細: The initial concentration of the protein was 20 mg/ml in 10% glycerol solution. The reservoir contained a 250 mM Na2SO4. For cryo-protection, it was supplemented with 25% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日 詳細: 1.02-M FLAT MIRROR MADE OF ZERODUR PROVIDING VERTICAL FOCUSING AND REJECTION OF HARMONIC CONTAMINATION |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR UTILIZING A SI-111 AND SAGITAL HORIZONTAL FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 82585 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 7.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 26.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / Num. unique all: 7353 / % possible all: 84.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1GVK 解像度: 1.101→26.525 Å / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.116 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.95 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.101→26.525 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|