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万見
- PDB-3mtt: Crystal structure of iSH2 domain of human p85beta, Northeast Stru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mtt
タイトルCrystal structure of iSH2 domain of human p85beta, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5531C
要素Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING / PI3-kinase subunit p85-beta / inter-SH2 domain / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


IRS-mediated signalling / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / RHOF GTPase cycle / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions ...IRS-mediated signalling / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / RHOF GTPase cycle / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / Signaling by LTK in cancer / RND1 GTPase cycle / Costimulation by the CD28 family / Signaling by LTK / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / negative regulation of MAPK cascade / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RET signaling / positive regulation of cell adhesion / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of protein localization to plasma membrane / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Tie2 Signaling / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphotyrosine residue binding / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / response to endoplasmic reticulum stress / B cell differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / regulation of autophagy / Regulation of signaling by CBL / Signaling by SCF-KIT / cellular response to insulin stimulus / receptor tyrosine kinase binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein transport / Downstream TCR signaling / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / immune response / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Helix Hairpins - #1490 / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Helix Hairpins - #1490 / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Guan, R. / Schauder, C. / Ma, L.C. / Krug, R.M. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of the iSH2 domain of human phosphatidylinositol 3-kinase p85beta subunit reveals conformational plasticity in the interhelical turn region
著者: Schauder, C. / Ma, L.C. / Krug, R.M. / Montelione, G.T. / Guan, R.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7491
ポリマ－22,7491
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.588, 174.588, 102.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6-

HOH

21A-9-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / PI3-kinase regulatory subunit beta / PI3K regulatory ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / PI3-kinase regulatory subunit beta / PI3K regulatory subunit beta / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-beta / PI3-kinase subunit p85-beta


分子量: 22748.605 Da / 分子数: 1 / 断片: iSH2 domain, residues 433-610 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R2 / プラスミド: pet21C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O00459
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.5 M Sodium Malonate, 0.1 M HEPES, , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日
放射モノクロメーター: Si(iii) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.6 Å / Num. all: 9170 / Num. obs: 9161 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 110 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 6.83 / Num. unique all: 897 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_377)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L4Q chain D

3l4q


解像度: 3.3→48.6 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 427 4.77 %random
Rwork0.2487 ---
obs0.2501 8955 97.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.281 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4193 Å2-0 Å20 Å2
2---6.4193 Å20 Å2
3---12.8386 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1385 0 0 14 1399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6251868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.461573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.297-3.77390.35241430.32312718X-RAY DIFFRACTION95
3.7739-4.7540.26571490.25242837X-RAY DIFFRACTION98
4.754-48.62720.2591350.2242973X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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