ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | SHELXD | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | 直接法 | | モデル構築 | ARP | | モデル構築 | WARP | | モデル構築 | HKL-3000 | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.5_2)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | 直接法 | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.582→34.324 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.07 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2036 | 1661 | 5.06 % | random |
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Rwork | 0.1761 | - | - | - |
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all | 0.1776 | 32797 | - | - |
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obs | 0.1776 | 32797 | 93.64 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.919 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.814 Å2 | 0 Å2 | 1.7299 Å2 |
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2- | - | 9.2903 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -7.4763 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.582→34.324 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2157 | 0 | 3 | 222 | 2382 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2292 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.942 | 3131 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.156 | 867 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.066 | 371 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 408 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.5817-1.6382 | 0.2513 | 158 | 0.2474 | 2734 | X-RAY DIFFRACTION | 83 | 1.6382-1.7038 | 0.2339 | 182 | 0.2125 | 2895 | X-RAY DIFFRACTION | 88 | 1.7038-1.7814 | 0.2439 | 152 | 0.2029 | 3032 | X-RAY DIFFRACTION | 92 | 1.7814-1.8753 | 0.2348 | 158 | 0.1878 | 3141 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 1.8753-1.9928 | 0.2104 | 173 | 0.1775 | 3180 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 1.9928-2.1466 | 0.2113 | 162 | 0.1714 | 3237 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 2.1466-2.3626 | 0.1934 | 177 | 0.1705 | 3246 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.3626-2.7043 | 0.2341 | 155 | 0.1828 | 3239 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 2.7043-3.4067 | 0.2172 | 175 | 0.1784 | 3251 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 3.4067-34.3318 | 0.1611 | 169 | 0.1545 | 3181 | X-RAY DIFFRACTION | 94 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.7683 Å / Origin y: 4.8838 Å / Origin z: 33.3832 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1269 Å2 | 0.0037 Å2 | -0.0068 Å2 | - | 0.1047 Å2 | 0.0018 Å2 | - | - | 0.1099 Å2 |
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L | 1.3859 °2 | 0.1106 °2 | -0.3252 °2 | - | 0.3914 °2 | 0.0533 °2 | - | - | 1.0114 °2 |
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S | -0.0103 Å ° | 0.0308 Å ° | -0.0104 Å ° | 0.0499 Å ° | 0.0121 Å ° | 0.0032 Å ° | 0.056 Å ° | -0.0981 Å ° | 0.0015 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |
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