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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3msn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermolysin in complex with N-methylurea | ||||||
要素 | Thermolysin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PROTEASE / Fragment soaking / METALLOPROTEASE / Metal-binding / Secreted / Zymogen / N-methylurea / Fragment based lead discovery | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Behnen, J. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012 タイトル: Experimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery. 著者: Behnen, J. / Koster, H. / Neudert, G. / Craan, T. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3msn.cif.gz | 81.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3msn.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3msn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3msn_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3msn_full_validation.pdf.gz | 456.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3msn_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3msn_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3msn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3msn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ms3C 3msaC 3msfC 3n21C 3n4aC 3n9wC 3nn7C 3nx8C 3pczC 3prsC 3pvkC 3pwwC 2a7gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin |
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-非ポリマー , 5種, 196分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-NMU / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris/HCl, 50 % DMSO, 1.8 M CsCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→25 Å / Num. all: 21974 / Num. obs: 21974 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1143 / Rsym value: 0.472 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 2A7G 解像度: 1.97→10 Å / Num. parameters: 10566 / Num. restraintsaints: 10201 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 2246 / Occupancy sum non hydrogen: 2620.47 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / Num. reflection obs: 21974 |