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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mrv | ||||||
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タイトル | Glycogen phosphorylase complexed with 3-hydroxybenzaldehyde-4-(beta-D-glucopyranosyl) thiosemicarbazone | ||||||
![]() | Glycogen phosphorylase, muscle form | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Glycogenolysis / type 2 diabetes / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alexacou, K.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The binding of beta-D-glucopyranosyl-thiosemicarbazone derivatives to glycogen phosphorylase: a new class of inhibitors 著者: Alexacou, K.M. / Tenchiu Deleanu, A.C. / Chrysina, E.D. / Charavgi, M.D. / Kostas, I.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Leonidas, D.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mqfC ![]() 3mrtC ![]() 3mrxC ![]() 3ms2C ![]() 3ms4C ![]() 3ms7C ![]() 3mscC ![]() 3mt7C ![]() 3mt8C ![]() 3mt9C ![]() 3mtaC ![]() 3mtbC ![]() 3mtdC ![]() 3nc4C ![]() 2prjS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: 20mM inhibitor in 20% DMSO soaked with T-state native enzyme crystals for 3.5 hrs, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04498 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→30 Å / Num. all: 72392 / Num. obs: 72392 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PRJ 解像度: 1.94→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.303 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.636 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→29.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
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