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- PDB-2gj4: Structure of rabbit muscle glycogen phosphorylase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gj4
タイトルStructure of rabbit muscle glycogen phosphorylase in complex with ligand
要素Glycogen phosphorylase, muscle form
キーワードTRANSFERASE / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TH / Chem-PLR / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Otterbein, L.R. / Pannifer, A.D. / Tucker, J. / Breed, J. / Oikonomakos, N.G. / Rowsell, S. / Pauptit, R.A. / Claire, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Novel thienopyrrole glycogen phosphorylase inhibitors: synthesis, in vitro SAR and crystallographic studies.
著者: Whittamore, P.R. / Addie, M.S. / Bennett, S.N. / Birch, A.M. / Butters, M. / Godfrey, L. / Kenny, P.W. / Morley, A.D. / Murray, P.M. / Oikonomakos, N.G. / Otterbein, L.R. / Pannifer, A.D. / ...著者: Whittamore, P.R. / Addie, M.S. / Bennett, S.N. / Birch, A.M. / Butters, M. / Godfrey, L. / Kenny, P.W. / Morley, A.D. / Murray, P.M. / Oikonomakos, N.G. / Otterbein, L.R. / Pannifer, A.D. / Parker, J.S. / Readman, K. / Siedlecki, P.S. / Schofield, P. / Stocker, A. / Taylor, M.J. / Townsend, L.A. / Whalley, D.P. / Whitehouse, J.
履歴
登録2006年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,54411
ポリマ－95,2101
非ポリマー1,33410
水13,457747
1
A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子

A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,08922
ポリマ－190,4202
非ポリマー2,66920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10250 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area57450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.128, 128.128, 116.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1675-

HOH

21A-1681-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycogen phosphorylase, muscle form


分子量: 95209.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle tissue / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル


分子量: 233.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO5P
#4: 化合物 ChemComp-2TH / 2-CHLORO-N-[(1R,2R)-1-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL]-6H-THIENO[2,3-B]PYRROLE-5-CARBOXAMIDE


分子量: 332.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13ClN2O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.1mM IMP, 1.1mM Spermine, 0mM BES, 2.9mM DTT, 0.1mM EDTA, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月24日 / 詳細: Rh coated Si mirror
放射モノクロメーター: triangular single crystal Si monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.8 Å / Num. all: 98023 / Num. obs: 94754 / % possible obs: 74.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3556 / Rsym value: 0.637 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In house model

解像度: 1.6→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.532 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22616 4629 5.1 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1889 86732 71.82 %-
all-127198 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 77 747 7356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226913
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.9629371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.324314542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6555822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62823.52358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.395151218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7281563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.26013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.23581
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0830.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.55373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1031.51646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75626595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24133347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7794.52776
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 55 -
Rwork0.302 1007 -
obs-1007 11.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.3964 Å / Origin y: 99.8181 Å / Origin z: 2.4133 Å
111213212223313233
T-0.0279 Å20.0466 Å2-0.0135 Å2--0.0322 Å2-0.0084 Å2---0.0171 Å2
L0.126 °2-0.0402 °2-0.009 °2-0.1614 °20.0042 °2--0.342 °2
S-0.0128 Å °0.0089 Å °0 Å °-0.0211 Å °-0.0141 Å °0.0055 Å °-0.0107 Å °-0.0346 Å °0.0269 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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