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- PDB-3mon: CRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTENSELY SWEET PROTEINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mon
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTENSELY SWEET PROTEINS
要素(MONELLIN) x 2
キーワードSWEET-TASTING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular ...Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Monellin chain A / Monellin chain B
類似検索 - 構成要素
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jiang, F. / Tong, L. / Kim, S.-H.
引用
ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1988
タイトル: Crystal structures of two intensely sweet proteins.
著者: Kim, S.H. / de Vos, A. / Ogata, C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Crystal Structure of the Intensely Sweet Protein Monellin
著者: Ogata, C. / Hatada, M. / Tomlinson, G. / Shin, W.-C. / Kim, S.-H.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Crystal Structure of a Sweet Protein, Monellin, at 5.5-Angstroms Resolution
著者: Tomlinson, G. / Ogata, C. / Shin, W.-C. / Kim, S.-H.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of a Sweet Protein, Monellin
著者: Tomlinson, G. / Kim, S.-H.
履歴
登録1992年8月26日処理サイト: BNL
置き換え1993年10月15日ID: 1MON
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET EACH MOLECULE CONTAINS A SHEET CONSISTING OF STRANDS FROM BOTH CHAINS. ONE OF THE STRANDS ...SHEET EACH MOLECULE CONTAINS A SHEET CONSISTING OF STRANDS FROM BOTH CHAINS. ONE OF THE STRANDS CONTAINS A BULGE AND THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE SHEET TWICE EACH WITH PART OF THAT STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONELLIN
B: MONELLIN
C: MONELLIN
D: MONELLIN
E: MONELLIN
F: MONELLIN
G: MONELLIN
H: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4078
ポリマ－44,4078
非ポリマー00
水00
1
A: MONELLIN
B: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1022
ポリマ－11,1022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6020 Å2
手法PISA
2
C: MONELLIN
D: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1022
ポリマ－11,1022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6080 Å2
手法PISA
3
E: MONELLIN
F: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1022
ポリマ－11,1022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6070 Å2
手法PISA
4
G: MONELLIN
H: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1022
ポリマ－11,1022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area5870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.840, 87.200, 72.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 107.30
Int Tables number4
Space group name H-MP1121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 41 / 2: CIS PROLINE - PRO B 40 / 3: CIS PROLINE - PRO C 41 / 4: CIS PROLINE - PRO D 40 / 5: CIS PROLINE - PRO E 41 / 6: CIS PROLINE - PRO F 40 / 7: CIS PROLINE - PRO G 41 / 8: CIS PROLINE - PRO H 40

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
MONELLIN


分子量: 5259.993 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02881
#2: タンパク質・ペプチド
MONELLIN


分子量: 5841.647 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02882
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: MONB_DIOCU MONELLIN SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLU 49 ASN B 49 ASN 50 GLU B 50 GLU 49 ASN D 49 ASN 50 GLU D 50 GLU 49 ASN F 49 ASN 50 GLU F 50 GLU 49 ASN H 49 ASN 50 GLU H 50

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein 1drop
210 mMphosphate1drop
333.3 %(w/w)PEG60001reservoir

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.193 / 最高解像度: 2.8 Å
詳細: PLEASE NOTE THAT THE SPACE GROUP GROUP SETTING USED IN THIS ENTRY IS THE FIRST SETTING (Z-AXIS UNIQUE).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3136 0 0 0 3136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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