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- PDB-6u9t: Wild-type MthK pore in 50 mM K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9t
タイトルWild-type MthK pore in 50 mM K+
要素Calcium-gated potassium channel MthK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Potassium ion channel MthK
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / : / Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Posson, D.J. / Nimigean, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088352 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM087865 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Selectivity filter ion binding affinity determines inactivation in a potassium channel.
著者: Boiteux, C. / Posson, D.J. / Allen, T.W. / Nimigean, C.M.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2937
ポリマ－8,9801
非ポリマー3146
水55831
1
A: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,17328
ポリマ－35,9184
非ポリマー1,25524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.811, 63.811, 44.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

K

21A-102-

K

31A-103-

K

41A-104-

K

51A-105-

K

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-gated potassium channel MthK


分子量: 8979.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1:1 protein (in 100 mM sodium chloride, 1 mM potassium chloride, 10 mM MOPS, pH 8.0) + 3.5-4.0 M 1,6-hexanediol, 100 mM MES-NaOH, pH 6.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→31.91 Å / Num. obs: 13679 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 23.3 % / Biso Wilson estimate: 22.11 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06349 / Rpim(I) all: 0.01327 / Rrim(I) all: 0.0649 / Net I/σ(I): 32.28
反射 シェル解像度: 1.55→1.607 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.502 / Num. unique obs: 1297 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.4156 / Rrim(I) all: 1.56 / % possible all: 97.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LDC

3ldc


解像度: 1.55→31.9 Å / SU ML: 0.1633 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3571
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 1378 10.17 %
Rwork0.1925 --
obs0.1941 13666 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→31.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数637 0 13 31 681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5882946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.0888501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.6070.29061560.30741297X-RAY DIFFRACTION97.59
1.58-1.610.2561410.27481253X-RAY DIFFRACTION99.93
1.61-1.650.26161470.25051256X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.690.24681580.23661242X-RAY DIFFRACTION99.86
1.69-1.730.22291300.22731264X-RAY DIFFRACTION99.93
1.73-1.780.25481270.21071265X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.830.22051460.19981263X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.22021330.19671274X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.950.20341550.17491233X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.030.19861320.18231259X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.120.18171580.18521261X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.240.22171490.18571236X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.380.21241680.17571235X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.560.18851340.16711262X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.820.19481310.16011271X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.230.16321170.17771294X-RAY DIFFRACTION100
3.23-4.060.19011440.18741260X-RAY DIFFRACTION100
4.06-31.90.25121290.21261277X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.621168084082.379741692113.927877359095.48744226261-1.076444363564.51354214175-0.0217703061663-0.54571159285-0.1297332236630.4547410393850.2405960427110.253289220731-0.00148114623895-0.152760535267-0.2161488743980.2332942667730.09246628191630.02330866992380.2872412951270.01829117003780.206054869498.4404652026115.27107805876.63359867006
22.44295951544-1.06367073718-0.04202965773455.48258242186-1.211470926412.523096067950.1157566960340.216616085023-0.160273891333-0.325688331945-0.052952756708-0.02477407181980.3757832924640.121055748473-0.06984419887580.225921295170.0223393421097-0.0276255345050.205719682464-0.0204339706840.1717300912924.7486748616218.7703771413-11.7541425244
34.48932745350.3474085519663.316409154563.029429067680.6336240355268.664385458420.0247773161366-0.147514416506-0.3095112358080.09689233915090.1308662973710.03538903923660.225538733044-0.144280697119-0.1422316669460.1697567449880.006071920324760.007463672876270.1236971638540.02469574086880.161580628259-1.6203891440419.029187444-3.59057963781
46.95669039452.30386966845-1.237888283929.661728726355.910051178199.39169224885-0.267933787473-1.650322364380.8898278069231.93517852208-0.00206833328534-0.639461759335-0.5484916089691.514256927040.3298174858750.8418415989560.0229964239672-0.2031824287910.743642231861-0.06637801077170.62866325312313.616941088427.113111489610.7915577343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 18:31)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:68)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 69:91)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 92:99)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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