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- PDB-4hyo: Crystal Structure of MthK Pore -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hyo
タイトルCrystal Structure of MthK Pore
要素Calcium-gated potassium channel mthK
キーワードMETAL TRANSPORT / transmembrane ion channel family / potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain ...: / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / : / Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Posson, D.J. / McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2013
タイトル: The voltage-dependent gate in MthK potassium channels is located at the selectivity filter.
著者: Posson, D.J. / McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.
履歴
登録2012年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
C: Calcium-gated potassium channel mthK
D: Calcium-gated potassium channel mthK
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
G: Calcium-gated potassium channel mthK
H: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,95528
ポリマ-81,2248
非ポリマー1,73120
4,792266
1
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
C: Calcium-gated potassium channel mthK
D: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,71416
ポリマ-40,6124
非ポリマー1,10212
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
2
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
G: Calcium-gated potassium channel mthK
H: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,24112
ポリマ-40,6124
非ポリマー6298
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.035, 63.452, 63.477
Angle α, β, γ (deg.)90.030, 89.990, 89.990
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Calcium-gated potassium channel mthK


分子量: 10152.961 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 11-101 / 変異: S68H, V77C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
: Delta H / 遺伝子: mthK, MTH_1520 / プラスミド: pqe82 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : K
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3.5-4.0M 1,6-hexanediol, 100mM MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.2 % / Av σ(I) over netI: 18.73 / : 257675 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 0.83 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 79424 / % possible obs: 96.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.555099.110.0270.6843.3
2.823.5598.410.0340.8233.4
2.462.8297.710.040.9083.2
2.242.4697.110.0490.8773.3
2.082.2496.610.0640.9653.1
1.962.089610.0860.8933.4
1.861.9695.610.1280.8273.2
1.781.869510.210.7823.2
1.711.7894.210.2840.7613.4
1.651.7193.810.3970.7363
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 79424 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 0.826 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.7130.39777520.736193.8
1.71-1.783.40.28477870.761194.2
1.78-1.863.20.2177690.782195
1.86-1.963.20.12878920.827195.6
1.96-2.083.40.08679750.893196
2.08-2.243.10.06478860.965196.6
2.24-2.463.30.04980150.877197.1
2.46-2.823.20.0480530.908197.7
2.82-3.553.40.03481120.823198.4
3.55-503.30.02781830.684199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.86 Å
Translation2.5 Å44.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LDC
解像度: 1.65→44.864 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.9103 / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.14 / 位相誤差: 16.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1809 3966 5.05 %random
Rwork0.1637 ---
obs0.1646 78558 94.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.56 Å2 / Biso mean: 22.7799 Å2 / Biso min: 5.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 104 266 5490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1737528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0811820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6492-1.66940.23591270.18972214234177
1.6694-1.69050.19221390.20012440257989
1.6905-1.71270.17931200.18142600272091
1.7127-1.73620.171330.17042451258492
1.7362-1.7610.1811500.16192722287293
1.761-1.78730.20511390.1632585272494
1.7873-1.81520.14021500.16572657280793
1.8152-1.8450.17251490.16042589273893
1.845-1.87680.15561400.14872664280494
1.8768-1.91090.21081440.13922613275795
1.9109-1.94770.1991270.14092625275295
1.9477-1.98740.19361460.15282697284395
1.9874-2.03060.15741340.14592717285195
2.0306-2.07790.22791420.15772694283696
2.0779-2.12980.21391530.14482707286096
2.1298-2.18740.12331480.1412694284296
2.1874-2.25180.14151400.15462674281496
2.2518-2.32450.19711410.14462733287497
2.3245-2.40750.2481300.15942732286297
2.4075-2.50390.21531440.15442716286097
2.5039-2.61790.18791530.13352721287497
2.6179-2.75590.13981530.14732786293998
2.7559-2.92850.17891480.16192697284598
2.9285-3.15460.1721480.16692759290798
3.1546-3.47190.12251410.17442759290098
3.4719-3.97410.20031490.16592774292399
3.9741-5.00580.16781440.17152791293599
5.0058-44.8810.22681340.20592781291599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2609-4.53161.60376.0042-1.57794.8483-0.1388-0.0872-0.1190.0839-0.03770.42570.3782-0.4220.14770.1486-0.02120.02250.167-0.07830.1428-6.46697.5377-14.9454
21.3819-0.0015-0.18031.73270.96473.0076-0.0607-0.41630.17050.19670.1388-0.1497-0.04760.1298-0.04940.10650.0289-0.01360.1402-0.02660.09310.49944.8296-19.533
36.1743-2.15221.56663.0575-0.94142.9221-0.2171-0.4106-0.32280.35460.11210.16890.0839-0.04310.0820.14910.0220.03140.15540.00560.0673.5255-2.7365-18.8038
45.9509-0.76433.82177.9182-2.72843.10740.38170.34320.6497-0.3939-0.2121.939-0.8664-1.6053-0.20730.53790.36460.01420.7852-0.0030.5593-11.884912.8463-27.1238
56.63973.9188-2.24895.4096-1.73394.9164-0.15610.10760.0884-0.0088-0.05020.4069-0.3166-0.44910.16670.1320.0134-0.01870.1729-0.07780.1464-6.4678-7.7988-49.214
61.3613-0.04050.06281.63330.87223.3246-0.06840.4107-0.1275-0.17920.1252-0.1646-0.01270.1775-0.03630.1056-0.03310.01190.1456-0.0260.091210.7809-4.7677-44.6223
75.81422.3369-1.22633.2712-0.92772.535-0.23240.35560.3369-0.41030.09160.1827-0.0917-0.08010.10030.1555-0.0217-0.03650.15350.00850.06582.68192.4269-45.4298
86.18550.6487-3.6778.0891-2.29842.65560.237-0.3133-0.50170.5432-0.14041.84330.8138-1.6848-0.14360.5768-0.38210.00730.89750.02960.5143-11.9214-13.0954-37.0471
95.80531.10973.75993.83251.47615.1749-0.1443-0.16710.03060.38370.19490.4071-0.0094-0.4443-0.06410.14790.02080.01280.14230.10970.1759-6.477816.9896-39.7728
101.641-0.1433-0.0532.2006-0.62861.3044-0.0740.09610.44590.0136-0.0634-0.1765-0.19380.15860.10540.1105-0.0155-0.03430.09530.02860.155311.012912.6068-36.1325
115.39661.83832.2792.47251.21023.3925-0.218-0.29340.39450.06380.10990.145-0.3959-0.25480.09380.15530.0435-0.02550.0743-0.00920.16481.566112.9059-29.9845
126.17195.13351.18795.38324.10259.11210.57320.648-0.4754-0.91030.12441.68060.6763-1.7935-0.40860.5412-0.0221-0.36780.52830.05810.8224-11.92294.8466-45.0233
136.2923-1.7068-4.2234.57551.76365.6121-0.19070.197-0.205-0.35560.18130.43820.0573-0.4565-0.02030.1367-0.0204-0.01420.14770.09250.1627-6.4696-17.2545-24.4117
141.63770.33220.10092.1334-0.51971.4637-0.0781-0.0988-0.4340.0041-0.0365-0.17480.21860.16250.08780.11210.01660.03530.0950.02390.15111.0073-12.8568-28.0349
156.3176-1.176-2.69891.80020.67073.505-0.19250.3029-0.3239-0.05650.1160.13460.3838-0.25380.08460.1564-0.04170.01950.0779-0.00220.17291.57-13.157-34.1825
165.5807-3.9448-1.56383.13612.19674.040.5107-0.27510.40710.9043-0.11071.6947-0.5908-1.8338-0.30490.5468-0.00650.36170.54340.02820.8683-11.9222-5.1252-19.1305
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195.8951-1.43822.20622.7875-1.13173.256-0.22990.33010.4017-0.08930.1043-0.0793-0.40180.18770.12420.1528-0.0372-0.01890.06890.01250.1495-5.85944.9273-2.9001
205.594-3.6163-0.74574.3092-2.56954.86470.5596-0.5172-0.40490.8545-0.0626-1.54550.69342.0581-0.25240.53540.0033-0.38650.5589-0.00820.81448.674836.528812.6544
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255.7612-3.856-1.59215.37211.48934.4446-0.124-0.21450.1362-0.0449-0.0302-0.4073-0.36050.43620.1090.1468-0.0176-0.01930.17430.09810.14033.284423.908416.7806
261.60730.05860.31651.2604-0.53082.0101-0.0649-0.4466-0.10040.23620.12380.1651-0.0454-0.1811-0.03780.11780.03520.01790.16020.02920.0971-14.19127.521912.3929
275.433-2.2465-1.46123.20961.00792.1878-0.225-0.43070.27310.36730.124-0.2367-0.04430.12850.06250.14770.0257-0.03970.1653-0.0040.0714-4.745733.672712.6964
284.96491.2066-3.03355.40952.47663.8930.41980.4499-0.6276-0.3742-0.4122-2.10860.88721.7204-0.09410.48240.33990.00980.89650.07880.57618.737618.6434.6341
296.29854.21761.62175.10561.66194.0355-0.18410.1394-0.2383-0.044-0.0137-0.42360.30920.46110.14230.13880.01750.01840.17920.1040.15183.287639.2647-17.4761
301.1921-0.0054-0.31241.4689-0.7733.0576-0.06680.40920.1485-0.18750.1180.16410.0004-0.1934-0.0290.1079-0.0308-0.01640.15050.03150.0964-13.966536.2314-12.8764
317.18052.80831.14453.841.11812.8384-0.23940.4747-0.241-0.38790.097-0.11420.0980.09760.10380.1425-0.01470.0350.15230.00110.0738-5.861229.0356-13.6914
325.1791.9774.15343.70672.43253.58750.2786-0.32770.59650.2277-0.323-1.8034-0.90761.8053-0.05330.5061-0.3421-0.00240.82090.0690.58468.744644.5124-5.3352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 18:33)A18 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 34:67)A34 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 68:90)A68 - 90
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5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 18:33)B18 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 34:68)B34 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 69:90)B69 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 91:99)B91 - 99
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 18:33)C18 - 33
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 34:70)C34 - 70
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 71:90)C71 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 91:99)C91 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 18:33)D18 - 33
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 34:70)D34 - 70
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 71:90)D71 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 91:99)D91 - 99
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 18:33)E18 - 33
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 34:68)E34 - 68
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 69:90)E69 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 91:99)E91 - 99
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 18:33)F18 - 33
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 34:66)F34 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 67:90)F67 - 90
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 91:99)F91 - 99
25X-RAY DIFFRACTION25(chain G and resid 18:33)G18 - 33
26X-RAY DIFFRACTION26(chain G and resid 34:70)G34 - 70
27X-RAY DIFFRACTION27(chain G and resid 71:90)G71 - 90
28X-RAY DIFFRACTION28(chain G and resid 91:99)G91 - 99
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 18:33)H18 - 33
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 34:68)H34 - 68
31X-RAY DIFFRACTION31(chain H and resid 69:90)H69 - 90
32X-RAY DIFFRACTION32(chain H and resid 91:99)H91 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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