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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mly | ||||||
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タイトル | Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with a UR29 V3 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / human monoclonal antibody / Fab / HIV-1 / gp120 / third variable loop / antibody-antigen interaction | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kong, X.-P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Conserved structural elements in the V3 crown of HIV-1 gp120. 著者: Jiang, X. / Burke, V. / Totrov, M. / Williams, C. / Cardozo, T. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mly.cif.gz | 195.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mly.ent.gz | 159.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mly.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mly_validation.pdf.gz | 466 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mly_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mly_validation.xml.gz | 43.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mly_validation.cif.gz | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mly | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22662.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24468.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2596.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE FABS WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ...AUTHORS STATE THAT THE FABS WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ARE UNKNOWN. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NH4 citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月21日 詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→500 Å / Num. obs: 96835 / % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30.511 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.396 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.511 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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Xplor file |
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