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- PDB-3mly: Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with a UR2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mly
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with a UR29 V3 peptide
要素
  • HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human monoclonal antibody / Fab / HIV-1 / gp120 / third variable loop / antibody-antigen interaction
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kong, X.-P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Conserved structural elements in the V3 crown of HIV-1 gp120.
著者: Jiang, X. / Burke, V. / Totrov, M. / Williams, C. / Cardozo, T. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2010年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
M: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
Q: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4536
ポリマ－99,4536
非ポリマー00
水15,835879
1
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7263
ポリマ－49,7263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
2
M: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
Q: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7263
ポリマ－49,7263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.948, 128.787, 60.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain


分子量: 22662.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain


分子量: 24468.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量: 2596.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE FABS WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ...AUTHORS STATE THAT THE FABS WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ARE UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NH4 citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月21日
詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→500 Å / Num. obs: 96835 / % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obs% possible all
1.7-1.760.23591
1.76-1.830.18493
1.83-1.910.14194.9
1.91-2.020.11395.9
2.02-2.140.09697.7
2.14-2.310.08698.3
2.31-2.540.07999.2
2.54-2.910.07399.6
2.91-3.660.068100
3.66-500.06699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30.511 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 4843 5.01 %
Rwork0.1807 --
obs0.1824 96742 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.396 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0805 Å20 Å2-0.2702 Å2
2--0.0197 Å2-0 Å2
3---1.0608 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6832 0 0 879 7711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1389548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0382497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741076
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.75980.234620.17968562X-RAY DIFFRACTION90
1.7598-1.83030.21674280.18198783X-RAY DIFFRACTION93
1.8303-1.91350.22464870.17988949X-RAY DIFFRACTION95
1.9135-2.01440.22144910.17359110X-RAY DIFFRACTION96
2.0144-2.14060.21484790.1759272X-RAY DIFFRACTION98
2.1406-2.30580.23294910.18529323X-RAY DIFFRACTION98
2.3058-2.53780.24084750.19839382X-RAY DIFFRACTION99
2.5378-2.90470.22475180.19859429X-RAY DIFFRACTION100
2.9047-3.65870.19514980.17589518X-RAY DIFFRACTION100
3.6587-30.51610.18715140.15689571X-RAY DIFFRACTION100
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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