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万見
- PDB-3mks: Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mks
タイトルCrystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2
要素
  • Cell division control protein 4
  • Suppressor of kinetochore protein 1
キーワードLIGASE/CELL CYCLE / ubiquitin ligase / protein binding / small molecule complex / LIGASE-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / protein neddylation / regulation of metabolic process / U3 snoRNA binding / mitochondrial fusion / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / phosphoserine residue binding / 90S preribosome / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / endomembrane system / negative regulation of cytoplasmic translation / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / kinetochore / nuclear matrix / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / cell division / nucleolus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division control protein 4, dimerisation domain / Cell division control protein 4 dimerisation domain / F-box domain / Monooxygenase - #50 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box-like domain superfamily / SKP1-like, dimerisation domain superfamily ...Cell division control protein 4, dimerisation domain / Cell division control protein 4 dimerisation domain / F-box domain / Monooxygenase - #50 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box-like domain superfamily / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Monooxygenase / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid / Cell division control protein 4 / Suppressor of kinetochore protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Orlicky, S. / Sicheri, F. / Tyers, M. / Tang, X.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2010
タイトル: An allosteric inhibitor of substrate recognition by the SCF(Cdc4) ubiquitin ligase.
著者: Orlicky, S. / Tang, X. / Neduva, V. / Elowe, N. / Brown, E.D. / Sicheri, F. / Tyers, M.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of kinetochore protein 1
B: Cell division control protein 4
C: Suppressor of kinetochore protein 1
D: Cell division control protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,22417
ポリマ－144,7334
非ポリマー1,49113
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Suppressor of kinetochore protein 1
B: Cell division control protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8477
ポリマ－72,3672
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area27380 Å2
手法PISA
3
C: Suppressor of kinetochore protein 1
D: Cell division control protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,37710
ポリマ－72,3672
非ポリマー1,0118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.281, 108.281, 165.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Suppressor of kinetochore protein 1 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit D / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit SKP1


分子量: 19504.561 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / プラスミド: pProEx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon plus / 参照: UniProt: P52286
#2: タンパク質 Cell division control protein 4 / F-box protein CDC4 / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit CDC4


分子量: 52862.098 Da / 分子数: 2
断片: UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC4, YFL009W / プラスミド: pProEx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon plus / 参照: UniProt: P07834

-
非ポリマー , 4種, 53分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-C1C / 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid / 1-(2-carboxynaphth-1yl)-2-naphthoic acid / (aR)-1,1′-ビナフタレン-2,2′-ジカルボン酸


分子量: 342.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H14O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE UNIPROT ENTRY FOR CDC4_YEAST INDICATES THAT K460E EXISTS AS A CONFLICT AND IS PRESENT IN THIS ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月12日
詳細: Si(111) double crystal monochromator, Bent cylindrical Si mirror (Rh coating)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection数: 374289 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.99 / D res high: 2.6 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 66680 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.593098.310.0330.769
4.445.5910010.0290.446
3.884.4410010.0380.729
3.533.8810010.0591.028
3.283.5310010.0781.113
3.083.2810010.111.248
2.933.0810010.181.292
2.82.9310010.2411.162
2.692.810010.3291.049
2.62.6910010.4351.029
反射解像度: 2.6→93.66 Å / Num. all: 66846 / Num. obs: 66846 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.688 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NEX

1nex


解像度: 2.6→93.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 21.478 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26648 3375 5.1 %RANDOM
Rwork0.21058 ---
obs0.21334 63268 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20.93 Å20 Å2
2--1.86 Å20 Å2
3----2.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→93.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9329 0 87 40 9456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0229605
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9681.95413003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46851145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31823.781447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.01151700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.371563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.55735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47929306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42233870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8364.53697
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 241 -
Rwork0.301 4731 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1411-1.0844-0.84849.11065.6656.84850.1236-0.0570.18440.4072-0.08360.03870.24460.1441-0.040.4125-0.0359-0.16880.0807-0.0440.1738113.4496-29.4947-58.3148
20.9292-0.28550.19372.63240.28451.53790.12170.16780.1622-0.1278-0.0482-0.4416-0.17590.3553-0.07340.0473-0.02680.06060.206-0.01420.1839118.901117.1824-62.3966
32.73132.4582.44984.35552.7485.5958-0.17020.38120.0062-0.4570.2319-0.1098-0.19450.1945-0.06160.05540.00360.01440.21030.0290.0404139.318713.369-30.3781
42.7421-0.2725-0.98870.07880.18041.2295-0.0002-0.35590.06490.01820.0084-0.0488-0.08240.1768-0.00820.05630.0009-0.02670.08520.01860.0511182.451727.7759-35.5226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2B270 - 744
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4D269 - 744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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