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- PDB-3mkp: Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mkp
タイトルCrystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin
要素Hepatocyte growth factor
キーワードHORMONE / growth factor / supramolecular assembly / HGF/SF / Met receptor / NK1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of DNA biosynthetic process / chemoattractant activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / cell chemotaxis / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / 3-Layer(bba) Sandwich / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SGN / Hepatocyte growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Gherardi, E. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Engineering a fragment of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor for tissue and organ regeneration
著者: Gherardi, E. / Chirgadze, D.Y. / Bocci, M. / Brocchieri, C. / Bevan, D. / Kajstura, J. / Esposito, G. / Lietha, D. / Rota, M. / Leri, A. / Mallorqui-Fernandez, N. / Bandyopadhyay, A. / ...著者: Gherardi, E. / Chirgadze, D.Y. / Bocci, M. / Brocchieri, C. / Bevan, D. / Kajstura, J. / Esposito, G. / Lietha, D. / Rota, M. / Leri, A. / Mallorqui-Fernandez, N. / Bandyopadhyay, A. / Youles, M. / Mulloy, B. / Rowe, A. / Alison, M. / Edwards, D. / Vannini, V. / Blundell, T. / Anversa, P.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Coupling growth-factor engineering with nanotechnology for therapeutic angiogenesis
著者: Roy, R.S. / Soni, S. / Harfouche, R. / Vasudevan, P.R. / Holmes, O. / de Jonge, H. / Rowe, A. / Paraskar, A. / Hentschel, D.M. / Chirgadze, D. / Blundell, T.L. / Gherardi, E. / Mashelkar, R.A. / Sengupta, S.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor
B: Hepatocyte growth factor
C: Hepatocyte growth factor
D: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,89114
ポリマ－84,4644
非ポリマー3,42710
水1,820101
1
A: Hepatocyte growth factor
B: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2407
ポリマ－42,2322
非ポリマー1,0085
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
2
C: Hepatocyte growth factor
D: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6517
ポリマ－42,2322
非ポリマー2,4195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.73, 129.73, 118.19
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Hepatocyte growth factor / Scatter factor / SF / Hepatopoeitin-A / Hepatocyte growth factor alpha chain / Hepatocyte growth ...Scatter factor / SF / Hepatopoeitin-A / Hepatocyte growth factor alpha chain / Hepatocyte growth factor beta chain


分子量: 21116.074 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-210 / 変異: K132E, R134E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPIC9K / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P14210

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1750.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-SGN / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose / N,O6-DISULFO-GLUCOSAMINE / 6-O-sulfo-N-sulfo-alpha-D-glucosamine / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucose / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-D-glucose / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-glucose / 6-O-スルホ-2-(スルホアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 339.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO11S2
識別子タイププログラム
DGlcpNS[6S]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-sulfo-6-sulfo-a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNSO36SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 109分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.243M Ammonium Sulfate, 22.295% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 25301 / Num. obs: 25225 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 61.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Num. unique all: 1661 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BHT

1bht


解像度: 2.81→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 26.614 / SU ML: 0.267 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.489 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1287 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.202 23960 --
obs0.202 23907 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5461 0 204 101 5766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9857885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4495684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10223.861259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.45115990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2111534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23896
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1253497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.31165549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69252599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.147.52336
LS精密化 シェル解像度: 2.807→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 91 -
Rwork0.262 1758 -
obs-1849 99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40320.6772.72565.3743-1.14872.7009-0.153-0.2386-0.3552-0.00640.3845-0.03280.0456-0.4664-0.2315-0.0860-0.01080.0740.0358-0.14440.20419.01222.619
27.08550.85730.93590.71520.72971.63030.10050.08660.0931-0.0839-0.11010.038-0.0977-0.03160.0096-0.0312-0.0062-0.0165-0.0405-0.0384-0.052718.09835.57916.446
34.4332-0.5326-0.28362.37781.22824.9292-0.09810.35150.0983-0.17650.0932-0.08660.12110.50040.0049-0.0485-0.007-0.02440.0855-0.0067-0.14644.81432.631-4.686
44.02070.84850.95910.61530.33331.4173-0.0041-0.6210.16290.0112-0.06360.0925-0.0621-0.24670.0677-0.05550.0492-0.02020.1028-0.0651-0.0584-16.13933.2339.803
53.49610.53591.44274.356-0.29680.7466-0.0118-0.03470.0002-0.04-0.0705-0.05590.09890.0070.0822-0.0588-0.0014-0.00710.05580.0214-0.1294-0.30722.352-34.49
68.88032.1258-0.6812.64860.32641.65150.2066-0.01690.4303-0.035-0.3564-0.3626-0.28620.22040.1497-0.1458-0.1014-0.04030.04790.13540.085312.5142.205-43.324
76.6547-1.1934-0.07864.61493.115910.67180.10110.26760.1772-0.8199-0.36080.06710.16340.5210.25970.05180.12920.04870.01570.1164-0.0621-1.56336.429-64.24
82.06650.39230.21862.159-0.38351.58460.0941-0.18220.0206-0.0553-0.0929-0.1014-0.06210.0078-0.0012-0.04190.00980.005-0.0326-0.05070.0002-20.04331.347-47.072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2A127 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3B36 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4B127 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5C36 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6C127 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7D40 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8D127 - 208

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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