[日本語] English
万見
- PDB-3mjq: Crystal structure of the PAS domain of Q24QT8_DESHY protein from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mjq
タイトルCrystal structure of the PAS domain of Q24QT8_DESHY protein from Desulfitobacterium hafniense. Northeast Structural Genomics Consortium Target DhR85c.
要素uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stage 0 sporulation protein A homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the PAS domain of Q24QT8_DESHY protein from Desulfitobacterium hafniense.
著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2782
ポリマ－29,2782
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.609, 49.609, 190.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Dimer according to aggregation screening

-
要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 14639.234 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS domain / 変異: P35T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: Y51 / 遺伝子: DSY3815 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q24QT8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, microbatch under paraffin oil, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 7832 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 2774 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.601→34.402 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2783 360 4.6 %RANDOM
Rwork0.2372 ---
obs0.239 7832 98.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.356 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→34.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1670 0 0 18 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5662290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.613644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6007-2.97680.41181080.34912411X-RAY DIFFRACTION99
2.9768-3.74980.28651170.23282478X-RAY DIFFRACTION99
3.7498-34.40480.24941350.21292583X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.24111.65980.0948-0.37161.15991.86680.00550.12090.04510.0006-0.2214-0.0411-0.2671-0.231300.4380.0326-0.05350.4507-0.03970.43557.984520.99561.1311
2-0.04760.2818-0.25950.74240.89451.6141-0.13060.1772-0.1806-0.01690.10480.069-0.37910.1825-00.4845-0.0678-0.06250.50770.00690.4072
精密化 TLSグループSelection details: chain B

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る