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- PDB-3mjd: 1.9 Angstrom Crystal Structure of Orotate Phosphoribosyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mjd
タイトル1.9 Angstrom Crystal Structure of Orotate Phosphoribosyltransferase (pyrE) Francisella tularensis.
要素Orotate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Orotate / Phosphoribosyltransferase / idp02311 / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Orotate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.9 Angstrom Crystal Structure of Orotate Phosphoribosyltransferase (pyrE) Francisella tularensis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotate phosphoribosyltransferase
B: Orotate phosphoribosyltransferase
C: Orotate phosphoribosyltransferase
D: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6446
ポリマ－104,4594
非ポリマー1842
水12,466692
1
A: Orotate phosphoribosyltransferase
B: Orotate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2302
ポリマ－52,2302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
2
C: Orotate phosphoribosyltransferase
D: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4144
ポリマ－52,2302
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.553, 97.903, 110.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Chains A and B, C and D form two biological dimers.

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要素

#1: タンパク質
Orotate phosphoribosyltransferase


分子量: 26114.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT0437c, FTT_0437c, pyrE / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q5NHL5, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 7.5 mg/mL, 0.25M Sodium Chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen solution: Classics II G1, 0.2M Sodium chloride, 0.1M TRIS (pH 8.5), 25% PEG 3350., VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: Protein solution: 7.5 mg/mL, 0.25M Sodium Chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen solution: Classics II G1, 0.2M Sodium chloride, 0.1M TRIS (pH 8.5), 25% PEG 3350., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月24日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 71519 / Num. obs: 71519 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3530 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ORO

1oro


解像度: 1.9→29.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.323 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: Refined Individually / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23477 3607 5.1 %RANDOM
Rwork0.18559 ---
all0.18802 67705 --
obs0.18802 67705 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6577 0 12 692 7281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9679451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803311624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8395872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.1725.238315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.114151271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.1031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0371.54280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2551.51731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87926922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.84232709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6774.52529
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 263 -
Rwork0.22 4946 -
obs-4946 99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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