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万見
- PDB-3mj6: Crystal structure of the gammadelta T cell costimulatory receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mj6
タイトルCrystal structure of the gammadelta T cell costimulatory receptor Junctional Adhesion Molecule-Like Protein, JAML
要素Junctional adhesion molecule-like
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN TANDEM DOMAIN / CELL ADHESION / CELL JUNCTION / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / COSTIMULATION / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


monocyte extravasation / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / gamma-delta T cell activation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / bicellular tight junction / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Junctional adhesion molecule-like
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The molecular interaction of CAR and JAML recruits the central cell signal transducer PI3K.
著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Havran, W.L. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The junctional adhesion molecule JAML is a costimulatory receptor for epithelial gammadelta T cell activation.
著者: Witherden, D.A. / Verdino, P. / Rieder, S.E. / Garijo, O. / Mills, R.E. / Teyton, L. / Fischer, W.H. / Wilson, I.A. / Havran, W.L.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Junctional adhesion molecule-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,84813
ポリマ－30,6471
非ポリマー1,20112
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.946, 61.946, 82.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Junctional adhesion molecule-like / Dendritic cell-specific protein CREA7 / mCrea7


分子量: 30647.387 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP RESIDUES 21-280) / 変異: K124R, R211Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Amica1, Gm638, Jaml / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS A
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q80UL9

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 138分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 3.25 M NA-FORMATE, 0.1 M IMIDAZOLE, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.07812, 0.99984
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.078121
20.999841
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 15924 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
RESOLVEモデル構築
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: OBTAINED BY MAD PHASING OF A TA6BR12 SOAKED JAML CRYSTAL AND SUBSEQUENT MR INTO THE NATIVE HIGH RESOLUTION DATA

解像度: 2.19→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 9.735 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS WAS ALSO USED FOR THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 799 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 15098 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 77 129 2034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.021357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7161.9882655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2963.0023279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0075236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.5523.93694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65715353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5731517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.21380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0310.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.51164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1831.5475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64221879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6253825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4144.5773
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 57 -
Rwork0.21 1032 -
obs--94.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1244-0.4362-2.40361.88080.54677.1322-0.0622-0.03570.0615-0.04760.0377-0.0866-0.0644-0.02480.0245-0.2362-0.01210.0001-0.1808-0.021-0.147730.102814.2243-0.2836
23.97540.9059-1.88261.6649-0.46674.63040.07770.1514-0.18870.11770.10570.05180.1115-0.3087-0.1835-0.17310.0249-0.0374-0.1837-0.0139-0.17635.304512.88513.4525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2A123 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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