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万見
- PDB-3mgv: Cre recombinase-DNA transition state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgv
タイトルCre recombinase-DNA transition state
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*G)-3')
  • Recombinase cre
キーワードISOMERASE/DNA / CRE-LOXP / TRANSITION STATE / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal ...: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / DNA / DNA (> 10) / Recombinase cre
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Gibb, B.P. / Gupta, K. / Ghosh, K. / Sharp, R. / Chen, J. / Van Duyne, G.D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Requirements for catalysis in the Cre recombinase active site.
著者: Gibb, B. / Gupta, K. / Ghosh, K. / Sharp, R. / Chen, J. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2010年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre
C: Recombinase cre
D: Recombinase cre
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,47114
ポリマ－197,24112
非ポリマー2302
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45500 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area63490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.046, 136.046, 218.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Recombinase cre


分子量: 38595.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
遺伝子: cre / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06956
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 4583.009 Da / 分子数: 4 / Fragment: Upstream cleaved strand / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6132.003 Da / 分子数: 4 / Fragment: Downstream cleaved strand / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.02M calcium chloride, 0.02M sodium acetate, MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium chloride11
2sodium acetate11
3MPD11
4calcium chloride12
5sodium acetate12
6MPD12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月8日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 102079 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 16.17 / Observed criterion σ(I): 4.15 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.103
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / Num. unique all: 9855 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HOI

2hoi


解像度: 2.29→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.133 / SU ML: 0.127 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22218 5105 5 %RANDOM
Rwork0.19277 ---
obs0.19426 96905 97.11 %-
all-105050 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.195 Å0.253 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10200 2844 6 343 13393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02113556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6192.2218882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15251284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81622.222504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.619151876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.35215140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.56384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.446210216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22937172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5284.58666
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.353 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 369 -
Rwork0.238 6850 -
obs--94.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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