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万見
- PDB-3mgb: Teg 12 Ternary Structure Complexed with PAP and the Teicoplanin A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgb
タイトルTeg 12 Ternary Structure Complexed with PAP and the Teicoplanin Aglycone
要素
  • TEG12
  • TEICOPLANIN AGLYCONE
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / SULFOTRANSFERASE / GLYCOPEPTIDE / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfotransferase activity / peptide binding
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #460 / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Teicoplanin Aglycone / ACETATE ION / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Teg12
類似検索 - 構成要素
生物種UNCULTURED SOIL BACTERIUM (環境試料)
NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the Glycopeptide Sulfotransferase Teg12 in a Complex with the Teicoplanin Aglycone.
著者: Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F.
履歴
登録2010年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年11月1日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.02023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TEG12
B: TEG12
C: TEICOPLANIN AGLYCONE
D: TEICOPLANIN AGLYCONE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5299
ポリマ－72,3614
非ポリマー1,1685
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.001, 78.344, 99.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 TEG12


分子量: 34973.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) UNCULTURED SOIL BACTERIUM (環境試料)
遺伝子: TEG1, TEG12 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: B7T1D7, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: タンパク質・ペプチド TEICOPLANIN AGLYCONE


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1206.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: TEICOPLANIN AGLYCON IS THE NONSUGAR COMPONENT OF TEICOPLANIN, CONSISTING OF THE TETRACYCLIC HEPTAPEPTIDE ONLY.
由来: (天然) NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア)
参照: Teicoplanin Aglycone

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非ポリマー , 4種, 345分子

#3: 化合物 ChemComp-PAP / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE ...TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. HERE, TEICOPLANIN AGLYCON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化pH: 9.1
詳細: PROTEIN CONCENTRATION OF 10MG/ML. 1:1 UL PROTEIN TO CRYSTALLIZATION SOLUTION. 25 MM CHES, PH 9.1, 1 MM TEICOPLANIN AGLYCONE, 2 MM PAP, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 20% W/V PEG 3350, VAPOR ...詳細: PROTEIN CONCENTRATION OF 10MG/ML. 1:1 UL PROTEIN TO CRYSTALLIZATION SOLUTION. 25 MM CHES, PH 9.1, 1 MM TEICOPLANIN AGLYCONE, 2 MM PAP, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 20% W/V PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: HORIZONTAL AND VERTICAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.039→50 Å / Num. obs: 37695 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 16.43
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Rsym value: 0.055 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OV8

2ov8


解像度: 2.04→32.95 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1851 5.01 %
Rwork0.171 --
obs0.174 36948 93.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.51 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1818 Å20 Å20 Å2
2---1.7576 Å20 Å2
3----2.4242 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4417 0 63 340 4820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1836252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1881764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.039-2.11140.27751630.20183026X-RAY DIFFRACTION82
2.1114-2.19590.2541550.18573269X-RAY DIFFRACTION88
2.1959-2.29580.25051830.18233401X-RAY DIFFRACTION91
2.2958-2.41680.24671800.17613395X-RAY DIFFRACTION92
2.4168-2.56820.24721800.17863485X-RAY DIFFRACTION93
2.5682-2.76640.27511910.183554X-RAY DIFFRACTION95
2.7664-3.04460.2481790.18733645X-RAY DIFFRACTION97
3.0446-3.48470.20972110.1773696X-RAY DIFFRACTION98
3.4847-4.38880.18522020.14763776X-RAY DIFFRACTION98
4.3888-32.95740.20562070.15873850X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48640.04530.38421.739-0.02791.73780.03170.01-0.0640.09150.0537-0.02930.09510.0774-0.07450.08850.0129-0.01140.1068-0.00370.0984-26.4834-49.5635-12.2684
20.883-1.13260.33071.7611-0.35490.30970.2056-0.1337-0.0895-0.1675-0.1654-0.0668-0.0257-0.08340.03190.1551-0.0434-0.02660.20590.03790.1928
31.33860.0171-0.17251.3357-0.74011.85540.07350.10460.2187-0.3273-0.0311-0.0127-0.14150.1466-0.0330.2075-0.0265-0.00230.20120.04560.1795
41.9776-0.01980.20281.95820.72150.78920.0338-0.00670.2402-0.33780.0693-0.1923-0.14240.0547-0.09630.2534-0.05710.09720.1454-0.04280.1463
50.0084-0.0549-0.11360.51660.49661.47390.10170.02060.0468-0.14950.26450.10070.0923-0.0173-0.23040.4687-0.0583-0.01860.20750.12090.3291
61.56830.7360.35022.12271.12070.7862-0.0321-0.03270.1126-0.4655-0.09920.4249-0.2173-0.1990.12380.2690.0049-0.03590.2171-0.03990.1893
71.062-0.4198-0.38950.637-0.37680.7847-0.21040.07080.3234-0.09520.3269-0.04270.0832-0.0306-0.05910.3265-0.0160.00730.27580.01130.3113
81.83050.6179-0.45730.2906-0.27351.0225-0.06070.09970.54490.04610.16560.27890.2554-0.2412-0.0760.2354-0.0134-0.00110.27890.00980.2997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 0:90 OR RESID 132:224)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESID 1:1)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 91:131 OR RESID 241:285)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 0:90 OR RESID 136:224)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND (RESID 2:2)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 91:129 OR RESID 240:285)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID -31:-22 OR RESID 231:240)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 1:2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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