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- PDB-1p91: Crystal Structure of RlmA(I) enzyme: 23S rRNA n1-G745 methyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p91
タイトルCrystal Structure of RlmA(I) enzyme: 23S rRNA n1-G745 methyltransferase (NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET ER19)
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase A
キーワードTRANSFERASE / RlmA / RrmA / methyltransferase / G745 / ER19 / 23S rRNA / NESG / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (guanine745-N1)-methyltransferase / 23S rRNA (guanine(745)-N(1))-methyltransferase activity / rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / methyltransferase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase A, predicted / : / : / RlmA, N-terminal / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / 23S rRNA (guanine(745)-N(1))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Das, K. / Acton, T. / Montelione, G. / Arnold, E. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of RlmAI: implications for understanding the 23S rRNA G745/G748-methylation at the macrolide antibiotic-binding site.
著者: Das, K. / Acton, T. / Chiang, Y. / Shih, L. / Arnold, E. / Montelione, G.T.
履歴
登録2003年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase A
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,98411
ポリマ－61,5762
非ポリマー1,4089
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.187, 122.279, 143.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a dimer. One monomers is related to the other by ~159 degree rotation about the NCS axis.

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA large subunit methyltransferase A / rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / 23S rRNA n1-G745 methyltransferase


分子量: 30788.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RRMA OR B1822 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36999, EC: 2.1.1.51
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
35 mMSAM1drop
45 mMdithiothreitol1drop
50.5 Mammonium sulfate1reservoir
61.0 Mlithium sulfate1reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoirpH6.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11051
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C10.97889, 0.97874, 0.9500
シンクロトロンCHESS F120.916
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年10月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年11月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978891
20.978741
30.951
40.9161
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 21876 / Num. obs: 21876 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 80.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 88268

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2974439.24 / Data cutoff high rms absF: 2974439.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1138 5.2 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.248 ---
obs0.248 21804 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.251692 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.33 Å20 Å20 Å2
2---9.08 Å20 Å2
3---28.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.99 Å0.95 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4176 0 81 85 4342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 168 5.3 %
Rwork0.429 3019 -
obs-3187 83 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3SAM.PAR&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5SO4.PAR&_1_TOPOLOGY_INFILE_5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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