PDB-3mdn: Structure of glutamine aminotransferase class-II domain protein (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mdn

タイトル

Structure of glutamine aminotransferase class-II domain protein (SPO2029) from silicibacter pomeroyi

要素

Glutamine aminotransferase class-II domain protein

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of glutamine aminotransferase class-II domain protein (SPO2029) from silicibacter pomeroyi
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mdn.cif.gz	176.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mdn.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mdn_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mdn_full_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示
XML形式データ	3mdn_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	3mdn_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cjc-d 3dnm-6 5wl4-d 3dnm-5 4lqe-2 6hdu-d 4ayj-d 5c5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11308c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine aminotransferase class-II domain protein

B: Glutamine aminotransferase class-II domain protein

C: Glutamine aminotransferase class-II domain protein

D: Glutamine aminotransferase class-II domain protein

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.367, 72.960, 106.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutamine aminotransferase class-II domain protein 分子量: 30600.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 遺伝子: SPO2029 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LRU5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M MgCl2, 25% PEG 3350, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→40 Å / Num. obs: 59569 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.283 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	6.2	0.69	2966	1.315	1	100
2.14-2.18	6.2	0.573	2937	1.289	1	100
2.18-2.22	6.3	0.512	3003	1.316	1	100
2.22-2.26	6.3	0.455	2934	1.308	1	100
2.26-2.31	6.3	0.416	2970	1.358	1	100
2.31-2.37	6.3	0.352	2972	1.362	1	100
2.37-2.42	6.3	0.316	2966	1.398	1	100
2.42-2.49	6.3	0.273	2976	1.401	1	100
2.49-2.56	6.3	0.221	2962	1.376	1	100
2.56-2.65	6.3	0.188	2969	1.41	1	100
2.65-2.74	6.3	0.149	2980	1.395	1	100
2.74-2.85	6.3	0.121	2966	1.324	1	100
2.85-2.98	6.3	0.102	2978	1.317	1	100
2.98-3.14	6.3	0.078	2999	1.261	1	100
3.14-3.33	6.2	0.064	3011	1.197	1	100
3.33-3.59	6.2	0.053	2963	1.199	1	100
3.59-3.95	6.1	0.05	3005	1.132	1	99.9
3.95-4.52	5.1	0.03	2981	0.943	1	99.6
4.52-5.7	5.7	0.044	3002	1.003	1	99.4
5.7-40	5.6	0.049	3029	1.239	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.09→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.27 / WR_factor R_work: 0.224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.796 / SU B: 12.584 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / SU R_free: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	3004	5.1 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	59479	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.43 Å² / B_iso mean: 31.206 Å² / B_iso min: 11.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.32 Å²	0 Å²	-2.02 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6811	0	0	36	6847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	7018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.921	9530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.621	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.566	21.433	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.942	15	973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.737	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.908	1.5	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.659	2	6810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.373	3	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.654	4.5	2720

LS精密化シェル

解像度: 2.095→2.149 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	190	-
R_work	0.261	3785	-
all	-	3975	-
obs	-	-	90.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7766	1.2555	0.3823	2.6813	-0.7553	2.4097	-0.1552	0.0034	-0.0556	-0.0983	0.1839	-0.1033	-0.0359	-0.0539	-0.0286	0.1414	0.0448	-0.0787	0.1968	0.0281	0.0951	30.694	5.969	71.664
2	2.4596	1.4574	1.9702	3.3504	-0.1347	4.2627	-0.0592	0.2828	0.1594	-0.2835	-0.0042	0.0404	0.0025	0.766	0.0635	0.0771	0.0214	-0.0362	0.3839	-0.0218	0.0599	59.527	-27.287	65.349
3	1.8425	-1.5517	0.9657	3.5898	-0.4816	2.2175	-0.1482	-0.1291	0.0761	0.3162	0.2257	0.0482	-0.1335	-0.2497	-0.0775	0.1219	0.0152	-0.0359	0.2528	0.0592	0.0778	34.867	-27.745	94.203
4	2.0192	-1.4255	0.4417	2.6877	0.4031	2.334	-0.1411	0.0841	-0.1024	0.1911	0.1632	0.1376	-0.0738	0.0606	-0.0221	0.2245	-0.0764	-0.1426	0.2308	-0.0088	0.1466	64.181	4.974	90.224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 257
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	273 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 257
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	273 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 257
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	273 - 283
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	273 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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