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万見
- PDB-3mce: Crystal structure of the NAC domain of alpha subunit of nascent p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mce
タイトルCrystal structure of the NAC domain of alpha subunit of nascent polypeptide-associated complex(NAC)
要素Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
キーワードCHAPERONE / beta-barrel like structure / NAC / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / skeletal muscle tissue regeneration / heart trabecula morphogenesis / protein targeting to membrane ...negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / skeletal muscle tissue regeneration / heart trabecula morphogenesis / protein targeting to membrane / wound healing / unfolded protein binding / protein transport / transcription coactivator activity / translation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Wang, L.F. / Zhang, W.C. / Wang, L. / Zhang, X.J.C. / Li, X.M. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of NAC domains of human nascent polypeptide-associated complex (NAC) and its alphaNAC subunit
著者: Wang, L.F. / Zhang, W.C. / Wang, L. / Zhang, X.J.C. / Li, X.M. / Rao, Z.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
B: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
C: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
D: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,83812
ポリマ－26,8234
非ポリマー1,0158
水95553
1
A: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
B: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0467
ポリマ－13,4112
非ポリマー6355
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
2
C: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
D: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7925
ポリマ－13,4112
非ポリマー3813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.592, 59.605, 69.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC-alpha / Alpha-NAC


分子量: 6705.729 Da / 分子数: 4 / 断片: NAC domain (UNP RESIDUES 81-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Alpha NAC, HSD48, NACA / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13765
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 % / Mosaicity: 0.763 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate (pH 8.3), 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→50 Å / Num. obs: 9272 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.208 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Num. unique all: 902 / Χ2: 0.692 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.396→29.901 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.754 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 910 9.94 %
Rwork0.247 8241 -
obs0.25 9151 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.18 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 196.51 Å2 / Biso mean: 50.786 Å2 / Biso min: 9.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.396→29.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 8 53 1884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0311852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9722497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.178300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.182699
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.397-2.5470.371450.3071296144196
2.547-2.7430.3641460.3071344149098
2.743-3.0190.361520.2791364151699
3.019-3.4550.3031510.2421377152899
3.455-4.3510.231500.1991371152198
4.351-29.9030.2051660.21814891655100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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