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万見
- PDB-3mbr: Crystal Structure of the Glutaminyl Cyclase from Xanthomonas camp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbr
タイトルCrystal Structure of the Glutaminyl Cyclase from Xanthomonas campestris
要素Glutamine cyclotransferase
キーワードTRANSFERASE / beta-propeller / cyclotransferase
機能・相同性Glutaminyl-peptide cyclotransferase / Glutamine cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / Glutamine cyclotransferase
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Huang, W.-L. / Wang, Y.-R. / Ko, T.-P. / Chia, C.-Y. / Huang, K.-F. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and functional analysis of the glutaminyl cyclase from Xanthomonas campestris
著者: Huang, W.-L. / Wang, Y.-R. / Ko, T.-P. / Chia, C.-Y. / Huang, K.-F. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Glutamine cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3142
ポリマ－27,2741
非ポリマー401
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.330, 95.330, 65.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutamine cyclotransferase / glutaminyl cyclase


分子量: 27273.768 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-264 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
株: pv. campestris / 遺伝子: XCC2216 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8P8M4, glutaminyl-peptide cyclotransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.68
詳細: 50mM imidazole, 0.8M sodium citrate, pH 8.68, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンNSRRC BL13B121
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年6月18日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→30 Å / Num. all: 52562 / Num. obs: 52509 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 55.1
反射 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5208 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FAW

2faw


解像度: 1.44→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.183 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20871 2669 5.1 %RANDOM
Rwork0.17447 ---
obs0.17625 49776 99.74 %-
all-49906 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1881 0 1 259 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3011.9532638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0685235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.79822.592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.72815301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1840.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8631.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.10321903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1853756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3854.5735
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.31131932
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.9313272
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.01931882
LS精密化 シェル解像度: 1.441→1.479 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 211 -
Rwork0.221 3629 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.3023 Å / Origin y: -12.969 Å / Origin z: 37.9908 Å
111213212223313233
T0.0247 Å2-0.0013 Å20.0059 Å2-0.0091 Å20.0026 Å2--0.0363 Å2
L1.7486 °20.2504 °2-0.2167 °2-1.4114 °2-0.192 °2--1.9383 °2
S0.0099 Å °0.0112 Å °-0.0451 Å °0.0008 Å °-0.0136 Å °0.0699 Å °0.0597 Å °-0.1239 Å °0.0037 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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