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- PDB-3mbi: Crystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (PRPP) synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbi
タイトルCrystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (PRPP) synthetase from Thermoplasma volcanium in complex with ADP-Mg2+ and ribose 5-phosphate
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphoribosyl transferase / ATP analog binding / Ribose 5-phosphate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribose-phosphate pyrophosphokinase, archaea / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold ...Ribose-phosphate pyrophosphokinase, archaea / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / PHOSPHATE ION / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structures of Thermoplasma volcanium phosphoribosyl pyrophosphate synthetase bound to ribose-5-phosphate and ATP analogs.
著者: Cherney, M.M. / Cherney, L.T. / Garen, C.R. / James, M.N.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
D: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,49916
ポリマ－129,1784
非ポリマー2,32112
水22,5911254
1
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6828
ポリマ－64,5892
非ポリマー1,0936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
2
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
D: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8178
ポリマ－64,5892
非ポリマー1,2286
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.599, 61.841, 127.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Ribose-phosphate pyrophosphokinase / RPPK / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase / P-Rib-PP synthase / PRPP synthase


分子量: 32294.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: ATCC51530 / 遺伝子: prs, TV0197, TVG0201915, TVN0197 / プラスミド: pvp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PlysS / 参照: UniProt: Q97CA5, ribose-phosphate diphosphokinase
#5: 糖 ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1265分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 30% PEG600, 0.1M HEPES, 10% MPD, 0.1% LDAO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.797→25.471 Å / Num. obs: 105923 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_343)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LPN

3lpn


解像度: 1.8→25.47 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 5260 4.97 %
Rwork0.176 --
obs0.178 105818 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.23 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9060 0 141 1254 10455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0169391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00212737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3953625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.797-1.81760.30641780.26243182X-RAY DIFFRACTION93
1.8176-1.8390.30322040.24223190X-RAY DIFFRACTION96
1.839-1.86140.29191660.2243309X-RAY DIFFRACTION97
1.8614-1.8850.27931860.23343305X-RAY DIFFRACTION97
1.885-1.90980.27551640.22183300X-RAY DIFFRACTION97
1.9098-1.93590.26531690.21843317X-RAY DIFFRACTION97
1.9359-1.96360.30961490.21093350X-RAY DIFFRACTION97
1.9636-1.99290.25971800.20753323X-RAY DIFFRACTION97
1.9929-2.0240.22551730.18663274X-RAY DIFFRACTION97
2.024-2.05720.211560.17773403X-RAY DIFFRACTION97
2.0572-2.09260.22731580.17443289X-RAY DIFFRACTION97
2.0926-2.13060.23361650.17913352X-RAY DIFFRACTION97
2.1306-2.17160.23161670.16943337X-RAY DIFFRACTION97
2.1716-2.21590.21861860.17573323X-RAY DIFFRACTION98
2.2159-2.26410.22981720.17183314X-RAY DIFFRACTION98
2.2641-2.31670.20991870.17193346X-RAY DIFFRACTION98
2.3167-2.37460.2231980.16363362X-RAY DIFFRACTION98
2.3746-2.43870.22621620.17253333X-RAY DIFFRACTION98
2.4387-2.51040.23811810.17663371X-RAY DIFFRACTION98
2.5104-2.59140.23631730.17263378X-RAY DIFFRACTION98
2.5914-2.68390.22071610.1713376X-RAY DIFFRACTION98
2.6839-2.79130.23412020.17883357X-RAY DIFFRACTION98
2.7913-2.91810.24471860.18383384X-RAY DIFFRACTION98
2.9181-3.07170.25121730.18533401X-RAY DIFFRACTION99
3.0717-3.26380.21221770.17363398X-RAY DIFFRACTION99
3.2638-3.51520.21781530.16193441X-RAY DIFFRACTION99
3.5152-3.86790.17361780.14893433X-RAY DIFFRACTION99
3.8679-4.4250.16821920.13383436X-RAY DIFFRACTION99
4.425-5.56550.14561620.14423490X-RAY DIFFRACTION99
5.5655-25.47320.18512020.16713484X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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