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- PDB-3m8a: Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 N-Terminal RNA Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8a
タイトルCrystal Structure of Swine Flu Virus NS1 N-Terminal RNA Binding Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
要素Nonstructural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / NS1 / N-terminal RNA binding Domain / Influenza A virus / H1N1 / Host cytoplasm / Host nucleus / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / RNA-binding / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / Helix Hairpins / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MALONATE ION / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 N-Terminal RNA Binding Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein 1
B: Nonstructural protein 1
C: Nonstructural protein 1
D: Nonstructural protein 1
E: Nonstructural protein 1
F: Nonstructural protein 1
G: Nonstructural protein 1
H: Nonstructural protein 1
I: Nonstructural protein 1
J: Nonstructural protein 1
K: Nonstructural protein 1
L: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,78626
ポリマ－103,84612
非ポリマー94014
水17,655980
1
A: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7132
ポリマ－8,6541
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7562
ポリマ－8,6541
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7793
ポリマ－8,6541
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7562
ポリマ－8,6541
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7132
ポリマ－8,6541
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7132
ポリマ－8,6541
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7562
ポリマ－8,6541
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7132
ポリマ－8,6541
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6772
ポリマ－8,6541
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7793
ポリマ－8,6541
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6541
ポリマ－8,6541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7793
ポリマ－8,6541
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.847, 156.795, 73.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Nonstructural protein 1


分子量: 8653.802 Da / 分子数: 12 / 断片: N-terminal RNA Binding Domain (UNP residues 1-73) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/CALIFORNIA/07/2009(H1N1) / 参照: UniProt: C3W611
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tacsimate 35%, ph 7, KCl 0.1M, MgCl2 0.1M, 0.3M NDSB211, TCEP 2mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日 / 詳細: Be Lenes
放射モノクロメーター: Single Crystal Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 75867 / Num. obs: 75867 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 28.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
MrBUMP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z0A

2z0a


解像度: 2.1→29.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9229 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 3809 5.04 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
obs0.172 75521 --
原子変位パラメータBiso mean: 31.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.539 Å20 Å2-1.7559 Å2
2--7.8192 Å20 Å2
3----7.2801 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.216 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6935 0 62 980 7977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017323HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.919862HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2712SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes209HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1074HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7287HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 244 4.4 %
Rwork0.2084 5305 -
all0.2101 5549 -

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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