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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m7o | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse MD-1 in complex with phosphatidylcholine | |||||||||
![]() | Lymphocyte antigen 86 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / BETA SHEET / Glycoprotein / Immunity / Inflammatory response / Innate immunity / Secreted | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Harada, H. / Ohto, U. / Satow, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of mouse MD-1 with endogenous phospholipid bound in its cavity 著者: Harada, H. / Ohto, U. / Satow, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 885.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 900.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17825.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BEN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% (w/v) PEG-8000, 0.2 M Ammonium sulfate and MES pH 6.5,supplemented with 1/10 volume of 20% (w/v) benzamidine hydrochloride as a crystallization additive, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 82260 / % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 86.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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