[日本語] English
万見
- PDB-3m7d: Crystal structure of an N-terminal 44 kDA fragment of topoisomera... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m7d
タイトルCrystal structure of an N-terminal 44 kDA fragment of topoisomerase V in the presence of dioxane
要素Topoisomerase V
キーワードISOMERASE / helix-hairpin-helix / topoisomerase / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #740 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding ...DNA polymerase; domain 1 - #740 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.815 Å
データ登録者Rajan, R. / Taneja, B. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structures of minimal catalytic fragments of topoisomerase v reveals conformational changes relevant for DNA binding.
著者: Rajan, R. / Taneja, B. / Mondragon, A.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2321
ポリマ－44,2321
非ポリマー00
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.150, 47.740, 81.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Topoisomerase V


分子量: 44232.012 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal 44 kDa fragment (Topo-44) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 株: AV19 / 遺伝子: MK1436, top5, Topoisomerase V / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q977W1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M phospate citrate pH 5, 0.2 M NaCl, 15% PEG 3350, 8% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.815→75.05 Å / Num. all: 33609 / Num. obs: 32998 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.832 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.815→1.91 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 4301 / Rsym value: 0.163 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-terminal 31 kDa topoisomerase domain of Topo-61 (2CSB) structure

2csb


解像度: 1.815→28.056 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1673 5.07 %random
Rwork0.1748 ---
obs0.1771 31317 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.689 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6395 Å2-0 Å21.4213 Å2
2--0.8795 Å2-0 Å2
3---3.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.815→28.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3081 0 0 238 3319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.924454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0741279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.815-1.86850.24811190.17862128X-RAY DIFFRACTION82
1.8685-1.92880.27981430.1992596X-RAY DIFFRACTION98
1.9288-1.99770.25751320.19222636X-RAY DIFFRACTION100
1.9977-2.07770.25461420.17822649X-RAY DIFFRACTION100
2.0777-2.17220.21791400.17342630X-RAY DIFFRACTION100
2.1722-2.28670.23831180.17862680X-RAY DIFFRACTION100
2.2867-2.42990.22731390.17392606X-RAY DIFFRACTION100
2.4299-2.61740.20871330.17582700X-RAY DIFFRACTION100
2.6174-2.88060.23861630.19162616X-RAY DIFFRACTION100
2.8806-3.29680.20781450.18462666X-RAY DIFFRACTION100
3.2968-4.15150.19841300.1542688X-RAY DIFFRACTION100
4.1515-28.05910.19371690.15552722X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7542 Å / Origin y: 20.1689 Å / Origin z: 22.472 Å
111213212223313233
T0.055 Å20.0064 Å2-0.0033 Å2-0.062 Å20.0027 Å2--0.0553 Å2
L0.3283 °2-0.074 °20.0386 °2-0.4627 °2-0.1703 °2--0.3221 °2
S0.0451 Å °-0.0103 Å °-0.0143 Å °-0.0329 Å °-0.0119 Å °0.0741 Å °0.0126 Å °-0.0062 Å °-0.0279 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る