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- PDB-3m4i: Crystal structure of the second part of the Mycobacterium tubercu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m4i
タイトルCrystal structure of the second part of the Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase reaction core: the TOPRIM domain at 1.95 A resolution
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / DNA GYRASE / GYRB / TOPRIM / TYPE II TOPOISOMERASE / TUBERCULOSIS / QUINOLONE BINDING SITE / DNA BINDING SITE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / TOPOISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #440 / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA ...Dna Ligase; domain 1 - #440 / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Dna Ligase; domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Piton, J. / Petrella, S. / Aubry, A. / Mayer, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the quinolone resistance mechanism of Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase.
著者: Piton, J. / Petrella, S. / Delarue, M. / Andre-Leroux, G. / Jarlier, V. / Aubry, A. / Mayer, C.
履歴
登録2010年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5372
ポリマ－27,4191
非ポリマー1181
水2,648147
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子

A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0754
ポリマ－54,8392
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.815, 52.815, 190.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 27419.260 Da / 分子数: 1 / 断片: TOPRIM DOMAIN (C-TERMINAL DOMAIN) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: HR37RV / 遺伝子: gyrB, MT0005, MTCY10H4.03, Rv0005 / プラスミド: PRSF-2 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 ROSETTA 2 / 参照: UniProt: P0C5C5, UniProt: P9WG45*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: AMMONIUM SULFATE, TRIS, PEG 4000, CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日
詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BIMORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→29.39 Å / Num. all: 20688 / Num. obs: 20626 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2913 / Rsym value: 0.629 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AB4

1ab4


解像度: 1.95→17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9372 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9277 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.126
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 1009 4.92 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.2109 20517 99.69 %-
all-20517 --
原子変位パラメータBiso mean: 39.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8508 Å20 Å20 Å2
2--0.8508 Å20 Å2
3----1.7015 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.291 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 8 147 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0071513HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972043HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d536SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes215HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1513HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion197SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1779SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 150 5.21 %
Rwork0.2084 2727 -
all0.2113 2877 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8775-0.0822-0.51281.70480.88823.3292-0.01040.4122-0.18070.02830.050.02640.2399-0.0404-0.0396-0.1425-0.0120.00840.0812-0.0414-0.0689-7.2823-7.9956-14.8011
27.68791.9308-1.98731.9659-0.49691.89120.09920.14850.35350.1036-0.08560.04060.0503-0.0557-0.0136-0.0947-0.01720.00960.06580.041-0.072917.02648.2075-12.7187
33.3461.85472.36850.3469-0.47646.62030.0160.18430.09480.02270.09050.00110.00190.2438-0.1065-0.11330.00040.0441-0.0152-0.0109-0.0657-2.306-1.4238-5.2022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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