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万見
- PDB-3m3c: Crystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m3c
タイトルCrystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL complexed with p-Nitrophenyl TF disaccharide
要素Anti-tumor lectin
キーワードHYDROLASE / galectin / AAL / Thomsen-Friedenreich disaccharide / Apoptosis / Lectin / Nuclease / Gal-BATA-1 / 3-GalNAc-ALPHA-1-p-Nitrophenyl
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / polysaccharide binding / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / P-NITROPHENOL / Anti-tumor lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Agrocybe aegerita (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feng, L. / Li, D. / Wang, D.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the recognition mechanism between an antitumor galectin AAL and the Thomsen-Friedenreich antigen
著者: Feng, L. / Sun, H. / Zhang, Y. / Li, D.F. / Wang, D.C.
履歴
登録2010年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-tumor lectin
B: Anti-tumor lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3597
ポリマ－34,2182
非ポリマー1,1415
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.590, 62.420, 96.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Anti-tumor lectin / AAL


分子量: 17108.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: AAL / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6WY08, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IT IS AN ALLELE GENE OF THE GENE IN THE GENBANK DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M LiCl, 5% acetone, pH 5.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 25298 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 2.365 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.99-2.023.40.24324551.23598.9
2.02-2.063.70.28124342.234100
2.06-2.13.70.34524328.83499.9
2.1-2.143.80.2224621.548100
2.14-2.193.80.18424691.496100
2.19-2.243.80.1824491.84100
2.24-2.33.80.2524305.098100
2.3-2.363.80.13624651.511100
2.36-2.433.80.11824831.422100
2.43-2.513.80.1324421.912100
2.51-2.63.80.10624671.468100
2.6-2.73.80.11224642.641100
2.7-2.823.80.07824601.526100
2.82-2.973.80.06524781.528100
2.97-3.163.80.05424781.666100
3.16-3.43.80.04724501.926100
3.4-3.743.80.04824842.791100
3.74-4.293.80.04425062.57100
4.29-5.43.80.03525051.982100
5.4-503.60.03725612.19999.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.48 Å
Translation2.5 Å43.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZGL

2zgl


解像度: 2→50 Å / FOM work R set: 0.861 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1060 4.2 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-25298 --
obs-24896 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 59.083 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 22.775 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.96 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3----7.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2414 0 75 264 2753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.030.241798
2.03-2.070.2331180
2.07-2.110.29390.22311771186
2.11-2.150.242530.19411231176
2.15-2.190.269530.19811391192
2.19-2.240.236530.16911491202
2.24-2.290.254610.20111101171
2.29-2.350.221580.17211401198
2.35-2.410.243570.17511301187
2.41-2.480.248620.20111231185
2.48-2.560.236410.1911541195
2.56-2.650.229570.19311351192
2.65-2.760.251620.18411381200
2.76-2.880.304700.20811271197
2.88-3.040.248620.21511411203
3.04-3.230.181550.17611541209
3.23-3.480.248650.20111551220
3.48-3.830.23430.17911691212
3.83-4.380.172650.1611671232
4.38-5.520.149650.13911781243
5.52-500.231690.23312491318
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2tfg.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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