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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m2u | ||||||
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タイトル | Structural Insight into Methyl-Coenzyme M Reductase Chemistry using Coenzyme B Analogues | ||||||
![]() | (Methyl-coenzyme M reductase I subunit ...) x 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Methyl-Coenzyme M Reductase / Nickel / Metal-binding / Methanogenesis / Methylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cedervall, P.E. / Dey, M. / Ragsdale, S.W. / Wilmot, C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into methyl-coenzyme M reductase chemistry using coenzyme B analogues. 著者: Cedervall, P.E. / Dey, M. / Pearson, A.R. / Ragsdale, S.W. / Wilmot, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 561 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 466.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 117.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 173.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Methyl-coenzyme M reductase I subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 60508.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: Marburg / DSM 2133 参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #2: タンパク質 | 分子量: 47148.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: Marburg / DSM 2133 参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #3: タンパク質 | 分子量: 28666.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: Marburg / DSM 2133 参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-非ポリマー , 10種, 2321分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/F43.gif)
![](data/chem/img/TP7.gif)
![](data/chem/img/COM.gif)
![](data/chem/img/TXZ.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/F43.gif)
![](data/chem/img/TP7.gif)
![](data/chem/img/COM.gif)
![](data/chem/img/TXZ.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-EDO / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-ZN / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG 400, magnesium acetate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 282K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日 |
放射 | モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 446793 / Num. obs: 446253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.389 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 4.029 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
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