PDB-3m1z: Crystal structure of the mutant V182A.V201A of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m1z

タイトル

Crystal structure of the mutant V182A.V201A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
著者: Wood, B.M. / Amyes, T.L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shabila, A. / Almo, S.C. / Richard, J.P. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m1z.cif.gz	108.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m1z.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m1z_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m1z_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3m1z_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	3m1z_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhtC 3lhuC 3lhvC 3lhwC 3lhyC 3lhzC 3li1C 3lldC 3llfC 3ltpSC 3ltsC 3ltyC 3lv5C 3lv6C 3m41C 3m43C 3m44C 3m47C 3m5xC 3m5yC 3m5zC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qmr-d 3p60-d 3lhv-2 3lhy-d 3nqm-d 3g1d-d 3lv5-d 4lc8-d 3pby-d 3qmt-d 3lhw-d 3qez-d 2zz6-d 3g1f-3 3qms-d 3lhz-d 3pbv-d 2zz3-d 3nqc-d 1so3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.853, 64.315, 61.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24828.592 Da / 分子数: 2 / 変異: V182A,V201A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→32.449 Å / Num. all: 79216 / Num. obs: 79216 / % possible obs: 99.14 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.083

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LTP

3ltp

解像度: 1.42→32.449 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1857	3978	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1666	-	-	-
all	0.169	79216	-	-
obs	0.1675	79216	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.176 Å² / k_sol: 0.383 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→32.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3291	0	44	483	3818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	4743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.877	1367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.436	0.2088	120	0.1793	2249	X-RAY DIFFRACTION	83
1.436-1.4542	0.2244	125	0.1737	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4542-1.4734	0.1942	138	0.1754	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4734-1.4935	0.2014	135	0.1658	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4935-1.5149	0.1756	151	0.1621	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5149-1.5375	0.1963	136	0.1608	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5375-1.5615	0.1483	167	0.1599	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5615-1.5871	0.1654	143	0.1544	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5871-1.6145	0.2033	144	0.1565	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6145-1.6438	0.1708	121	0.1612	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6438-1.6754	0.1966	147	0.1628	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6754-1.7096	0.1984	157	0.1592	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7096-1.7468	0.1933	127	0.1605	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7468-1.7874	0.2089	129	0.162	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7874-1.8321	0.1876	150	0.1646	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8321-1.8817	0.1795	138	0.1639	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8817-1.937	0.1787	141	0.1591	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-1.9996	0.1722	141	0.1535	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9996-2.071	0.1876	152	0.1574	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.071-2.1539	0.1889	147	0.1559	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1539-2.2519	0.1712	142	0.153	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2519-2.3706	0.1962	160	0.1561	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3706-2.5191	0.1804	163	0.1675	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5191-2.7135	0.1926	151	0.172	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7135-2.9864	0.1889	132	0.1735	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9864-3.4181	0.1777	147	0.1678	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4181-4.3049	0.1412	142	0.1417	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3049-32.4572	0.1572	132	0.159	2754	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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