PDB-3lzs: Crystal Structure of HIV-1 CRF01_AE Protease in Complex with Darunavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lzs

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 CRF01_AE Protease in Complex with Darunavir

要素

HIV-1 protease

キーワード

HYDROLASE / HIV-1 protease / non-B clades / CRF01_AE / inhibitor resistance / AIDS / Aspartyl protease

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Bandaranayake, R.M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
著者: Bandaranayake, R.M. / Kolli, M. / King, N.M. / Nalivaika, E.A. / Heroux, A. / Kakizawa, J. / Sugiura, W. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3lzs.ent.gz	41.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lzs_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lzs_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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CIF形式データ	3lzs_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lzuC 3lzvC 1tsuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1f7a-d 1mt7-d 6oy2-d 6oxw-d 3gi4-d 1tsu-d 3sa8-d 1ffi-d 3d1z-d 4u8w-d 6dh0-d 1lzq-d 4mc6-d 6oxx-d 2qnq-d 4u7v-d 3em3-d 5kr1-d 3nu6-d 3qaa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 protease

B: HIV-1 protease

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.164, 62.164, 82.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	HIV-1 protease 分子量: 10766.799 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NH1 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 参照: UniProt: Q9QB59, UniProt: P24740*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.08 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→100 Å / Num. obs: 12493 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.95-2.02	7.5	0.363	1343	0.762	100
2.02-2.1	7.4	0.256	1307	0.785	100
2.1-2.2	7.4	0.198	1324	0.878	100
2.2-2.31	6.6	0.243	747	1.079	56.8
2.31-2.46	7.4	0.135	1331	1.057	100
2.46-2.65	7.3	0.101	1316	1.062	100
2.65-2.91	7.3	0.08	1330	1.08	99.9
2.91-3.33	7.1	0.066	1332	1.074	99.9
3.33-4.2	6.4	0.057	1105	0.991	83
4.2-100	6.8	0.04	1358	1.033	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TSU

1tsu

解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.781 / SU B: 8.909 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.222 / SU R_free: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	611	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.203	12399	93.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.07 Å² / B_iso mean: 19.149 Å² / B_iso min: 5.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0.43 Å²	0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1446	0	50	69	1565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	2.052	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.852	3	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.667	5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.104	25.111	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.487	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.001	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.877	1.5	985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.218	1.5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.514	2	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.004	3	576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.126	4.5	555

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	53	-
R_work	0.237	930	-
all	-	983	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8172	0.0875	-2.0313	4.6925	-5.3725	6.9388	0.1978	0.2025	0.4237	0.2305	0.1781	0.1805	-0.3584	-0.3524	-0.3759	0.1853	0.0039	0.014	0.2273	-0.0288	0.1111	-19.8135	30.7179	0.9109
2	4.0339	0.4153	-5.8199	5.674	3.0809	10.8172	0.2068	0.0476	0.285	-0.1022	-0.0086	0.3375	-0.4385	-0.0517	-0.1981	0.1365	-0.0031	-0.0339	0.1575	0.0438	0.1188	-16.7288	32.2417	-0.923
3	4.8554	-1.8127	0.9998	5.723	3.2723	7.0612	0.1083	-0.2323	-0.3328	0.3433	0.0006	-0.045	0.646	-0.1974	-0.1089	0.0941	-0.0588	0.0314	0.2014	0.0132	0.1062	-21.3173	20.456	6.177
4	9.6942	-2.8386	9.6134	4.457	-3.2932	18.6378	0.273	0.3948	-0.3235	-0.2142	-0.0668	0.0859	0.4765	0.7265	-0.2062	0.1391	-0.0763	0.0208	0.1292	0.0145	0.0858	-7.2401	28.388	-6.2601
5	1.795	1.0416	1.5301	1.8145	0.404	1.5264	-0.0163	0.059	-0.0589	-0.0699	-0.0094	-0.1767	-0.0422	0.0535	0.0257	0.1086	-0.0262	0.005	0.1581	-0.0196	0.1061	-13.8071	19.3645	-5.2862
6	6.0384	-1.9766	0.226	0.8282	0.8202	8.381	0.0004	0.2661	-0.661	0.1034	-0.0568	0.229	0.8059	-0.6038	0.0563	0.1907	-0.0374	-0.0065	0.2019	-0.1037	0.2014	-17.3303	7.2908	-15.8877
7	2.6276	0.1278	1.7379	1.2117	1.1065	2.151	-0.0464	-0.0391	-0.1455	-0.002	0.0438	0.0635	0.0401	-0.1251	0.0026	0.0991	-0.0639	-0.0051	0.1556	0.0079	0.1049	-9.7066	21.7841	5.2044
8	1.1803	1.6926	0.7659	8.4992	-0.655	8.3689	0.2792	-0.0415	-0.2043	0.557	-0.3227	-0.7902	-0.067	1.5567	0.0435	0.0939	-0.0617	-0.0965	0.3221	0.0421	0.141	2.2868	18.8792	15.6359
9	7.5535	-2.7666	2.1192	2.3585	-0.3164	20.6733	0.4764	0.9992	-0.0141	-0.2049	-0.4087	0.1549	0.5401	0.6979	-0.0677	0.0725	0.0478	0.0132	0.2187	0.0586	0.1506	-4.8095	10.4461	-11.5002
10	3.8704	4.6646	1.5991	8.0094	6.3647	8.9242	-0.2223	0.1441	-0.8263	-0.0034	0.1718	-0.753	0.3279	0.1988	0.0504	0.1885	0.0508	-0.0382	0.2004	-0.0778	0.2613	-4.8783	7.2139	-7.5054
11	3.5412	-1.1997	-2.248	6.4057	1.5303	25.4699	0.2122	-0.4828	-0.3716	1.2672	0.1016	0.2237	0.4868	0.2613	-0.3138	0.3284	-0.0551	0.0206	0.0982	0.0004	0.1757	-6.3986	9.4348	11.7388
12	1.3891	2.7568	2.1758	7.5524	-0.8302	16.2495	0.1363	-0.2107	-0.1394	0.1378	-0.2713	-0.3712	0.3399	-0.6746	0.135	0.1295	0.0279	-0.0923	0.0962	-0.0325	0.1447	-4.5421	8.213	7.4165
13	2.4558	-5.7713	3.8189	16.5031	-4.5201	13.1488	0.4962	0.3545	-0.274	-1.1063	-0.3378	0.6861	0.7071	0.7613	-0.1583	0.088	0.038	-0.0431	0.6375	-0.211	0.0928	-14.1348	11.328	-18.611
14	7.0869	3.9479	-2.138	2.3478	-3.4605	35.386	0.3441	-0.4398	0.6371	0.2572	-0.2058	0.3563	-1.185	-0.4526	-0.1382	0.1558	-0.0582	-0.0271	0.1443	-0.0233	0.1812	-25.99	20.4267	-13.0921
15	8.6535	-7.2167	2.3062	7.8501	-2.2106	5.7814	-0.1448	0.4927	-0.1824	-0.1743	0.1132	0.2429	-0.0967	0.1167	0.0317	0.0526	-0.0945	-0.012	0.1799	0.0062	0.0686	-19.5276	19.8343	-16.0673
16	10.9857	-7.8843	-1.803	8.9701	1.5326	4.3177	-0.1828	-0.6984	-0.0737	1.2651	0.2961	-0.2937	0.5621	0.2637	-0.1132	0.4404	-0.0479	-0.1312	0.114	0.0399	0.0457	-2.6927	17.8795	18.573
17	6.1224	4.8563	-7.3256	4.8872	-0.5582	35.4339	-0.03	0.2586	0.5314	-0.1781	0.0979	0.5301	-0.8441	-0.7566	-0.0679	0.0515	-0.0257	-0.022	0.1395	-0.0142	0.162	-4.7381	32.6035	12.9727
18	2.7638	0.9387	-1.8718	8.8436	3.1819	6.6405	0.2402	-0.3951	0.0345	0.4255	-0.2196	0.2528	0.1399	-0.1654	-0.0207	0.0474	-0.0549	-0.0093	0.1409	-0.0168	0.072	-7.3602	26.8785	15.9935
19	8.0228	-8.2345	-1.7426	11.0185	1.4633	8.2956	-0.2614	-0.0363	-0.2872	0.7287	-0.0047	-0.2735	0.5768	0.1612	0.2662	0.1791	-0.0624	-0.0656	0.0996	-0.011	0.1445	-15.1554	10.6759	-5.3716
20	1.9589	-0.3824	2.8456	13.843	-3.3234	4.7015	0.281	0.3372	-0.0226	-0.1959	-0.3202	-0.1222	0.4429	0.5162	0.0393	0.0666	-0.0096	0.0285	0.2022	-0.0534	0.1837	-1.685	18.4492	5.3761
21	4.8182	-0.0489	3.9667	4.88	0.0532	5.2885	-0.0605	0.1065	0.053	-0.4284	0.166	0.1701	-0.2226	0.0181	-0.1055	0.1068	-0.0548	-0.0022	0.1559	0.0169	0.0841	-15.4459	24.9476	-10.5414
22	6.2329	-2.5577	0.9737	6.1306	5.6576	7.6819	-0.0876	-0.3916	0.3367	-0.0918	0.0718	-0.1793	-0.1361	-0.3065	0.0159	0.0831	-0.0561	0.012	0.1718	-0.0051	0.062	-13.8572	25.7557	10.4317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	22 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	33 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	22 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	52 - 56
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	44 - 49
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	52 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	13	A	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	14	A	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	15	A	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	17	B	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	18	B	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	19	A	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	20	B	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	21	A	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	22	B	86 - 93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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