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万見
- PDB-3lzf: Crystal Structure of Fab 2D1 in Complex with the 1918 Influenza V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lzf
タイトルCrystal Structure of Fab 2D1 in Complex with the 1918 Influenza Virus Hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin, ...) x 2
  • 2D1 Fab, Heavy Chain
  • 2D1 Fab, Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / Fab / neutralizing antibodies / antibody / pandemic flu / swine flu / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / antigen / Virion / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ekiert, D.C. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structural basis of preexisting immunity to the 2009 H1N1 pandemic influenza virus.
著者: Xu, R. / Ekiert, D.C. / Krause, J.C. / Hai, R. / Crowe, J.E. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
H: 2D1 Fab, Heavy Chain
L: 2D1 Fab, Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1788
ポリマ－104,3594
非ポリマー1,8194
水00
1
A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
H: 2D1 Fab, Heavy Chain
L: 2D1 Fab, Light Chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
H: 2D1 Fab, Heavy Chain
L: 2D1 Fab, Light Chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
H: 2D1 Fab, Heavy Chain
L: 2D1 Fab, Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,53424
ポリマ－313,07812
非ポリマー5,45612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
2
A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin, HA1 Subunit
B: Hemagglutinin, HA2 Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,99818
ポリマ－170,5426
非ポリマー5,45612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area28120 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area60120 Å2
手法PISA
3
H: 2D1 Fab, Heavy Chain
L: 2D1 Fab, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5122
ポリマ－47,5122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.745, 161.745, 143.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

-
Hemagglutinin, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin, HA1 Subunit / Hemagglutinin HA1 chain / Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 36452.797 Da / 分子数: 1 / 断片: Ectodomain HA1, residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/1918(H1N1) / 遺伝子: HA, Hemagglutinin / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4 / 参照: UniProt: Q9WFX3
#2: タンパク質 Hemagglutinin, HA2 Subunit / Hemagglutinin HA1 chain / Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20394.445 Da / 分子数: 1 / 断片: Ectodomain HA2, residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/1918(H1N1) / 遺伝子: HA, Hemagglutinin / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4 / 参照: UniProt: Q9WFX3

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 2D1 Fab, Heavy Chain


分子量: 24699.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Immunoglobulin, Gamma Chain / プラスミド: pEE6.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 2D1 Fab, Light Chain


分子量: 22812.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Immunoglobulin, Lambda Chain / プラスミド: pEE12.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 4分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 16% PEG1000, 100mM PIPES pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 54245 / Num. obs: 53366 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 90.4 Å2 / Rsym value: 0.04
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 28.678 / SU ML: 0.251 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 2596 4.9 %RANDOM
Rwork0.2301 ---
obs0.23154 50122 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.287 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.96 Å21.48 Å20 Å2
2--2.96 Å20 Å2
3----4.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7087 0 120 0 7207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.96710097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.855921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64524.801302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.626151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3911526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6291.54597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21927434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99232804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3844.52662
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 189 -
Rwork0.414 3230 -
obs--87.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10810.6513-3.39931.1235-1.91377.15370.1842-0.07620.0502-0.1275-0.3008-0.0084-0.30380.32710.1166-0.498-0.12070.0344-0.36760.0579-0.278661.0598-41.261646.3841
22.0350.42523.06251.44880.092212.23890.0950.9820.2094-1.18470.07780.43020.3235-0.6564-0.17290.51120.1052-0.26470.50420.1551-0.296768.7448-44.1739-6.4675
36.21354.3923-4.29676.0701-4.8837.32861.2646-1.9979-0.65021.8344-1.4953-0.528-1.03081.3520.2307-0.0812-0.554-0.23350.48170.2715-0.235341.096-62.8934100.1929
42.27183.2345-1.97818.2461-6.02319.96480.2035-1.5609-1.8410.3829-1.4413-1.78971.53361.11531.2377-0.1105-0.0982-0.16360.71660.9970.793247.7756-79.490297.3284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3H2 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4L2 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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