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Yorodumi- PDB-6ii9: Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ii9 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in complex with a human neutralizing antibody L3A-44 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / H7 haemagglutinin / receptor binding site / neutralizing antibody / protection in vivo | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.5 Å | ||||||||||||
Authors | Jiang, H.H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2019 Title: Structure-function analysis of neutralizing antibodies to H7N9 influenza from naturally infected humans. Authors: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T. ...Authors: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T.Y. / Li, A. / Powell, T.J. / Jan, J.T. / Ma, C. / Gao, G.F. / Shi, Y. / Townsend, A.R. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ii9.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ii9.ent.gz | 882.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ii9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ii9_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ii9_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6ii9_validation.xml.gz | 92.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6ii9_validation.cif.gz | 126.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/6ii9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/6ii9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34553.016 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: A0A024CX39 #2: Protein | Mass: 19647.502 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: A0A0K1LUI9 #3: Antibody | Mass: 23412.020 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) #4: Antibody | Mass: 22138.480 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) #5: Sugar | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5 Å3/Da / Density % sol: 75.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: evaporation / pH: 7.5 Details: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% w/v poly (acrylic acid sodium salt) 5100 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 73039 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 77.9 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.5→43.841 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→43.841 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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