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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ii8 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in complex with a human neutralizing antibody L4B-18 | ||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / H7 haemagglutinin / receptor binding site / neutralizing antibody / protection in vivo | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Jiang, H.H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-function analysis of neutralizing antibodies to H7N9 influenza from naturally infected humans. 著者: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T. ...著者: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T.Y. / Li, A. / Powell, T.J. / Jan, J.T. / Ma, C. / Gao, G.F. / Shi, Y. / Townsend, A.R. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 491 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 400 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34439.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A024CX39 #2: タンパク質 | 分子量: 19888.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0K1LUI9 #3: 抗体 | 分子量: 23596.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 22790.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #5: 糖 | ChemComp-NAG / Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 35% v/v TacsimateTM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 59498 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.32→49.486 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.32→49.486 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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