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- PDB-3lzc: Crystal structure of Dph2 from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lzc
タイトルCrystal structure of Dph2 from Pyrococcus horikoshii
要素Dph2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Diphthamide biosynthesis / radical SAM enzyme / gene triplication
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine catabolic process / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein ...Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.261 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhu, X. / Torelli, A.T. / Lee, M. / Dzikovski, B. / Koralewski, R.M. / Wang, E. / Freed, J. / Krebs, C. / Lin, H. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Diphthamide biosynthesis requires an organic radical generated by an iron-sulphur enzyme.
著者: Zhang, Y. / Zhu, X. / Torelli, A.T. / Lee, M. / Dzikovski, B. / Koralewski, R.M. / Wang, E. / Freed, J. / Krebs, C. / Ealick, S.E. / Lin, H.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dph2
B: Dph2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0772
ポリマ－85,0772
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.008, 82.598, 160.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dph2


分子量: 42538.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pDESTF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O58832
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 8% PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate, 0.05 M sodium citrate, 0.2 M KCl, 2% ethylene glycol, pH 5.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97922
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.97918
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年4月21日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年8月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979221
20.979181
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 24.38 / 数: 196000 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.31 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 51326 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385098.910.0231.1623.8
4.275.3810010.0451.6623.8
3.734.2710010.0421.9653.8
3.393.7310010.0471.4633.9
3.153.3910010.0691.3723.9
2.963.1510010.1131.2353.9
2.822.9610010.1661.0983.9
2.692.8210010.2331.073.9
2.592.6999.910.3211.0513.8
2.52.5998.510.4091.0373.7
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 36442 / Num. obs: 36367 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1508 / Χ2: 0.51 / % possible all: 81.9

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位相決定

Phasing MAD setR cullis acentric: 1.52 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 13690 / Reflection centric: 2300
Phasing MAD set shell

ID: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
14.59-47.140.9210.20.17972
8.63-14.591.0510.20.2406168
6.13-8.631.3810.20.1984278
4.75-6.131.3610.10.11811368
3.88-4.751.2510.10.12901467
3.28-3.882.11004264564
2.84-3.2814.461003245383
2.5-2.84000000
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Ano / B iso: 65 / Occupancy iso: 0

IDFract xFract yFract zOccupancy
10.7281.1950.9413.82
20.8950.9950.9213.577
30.5351.030.9933.282
40.8451.080.8112.987
51.1141.0760.9722.14
61.2220.830.8941.85
70.7631.3950.7821.616
81.130.7040.9061.394
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
14.59-47.140.2550.48701517972
8.63-14.590.3290.4650574406168
6.13-8.630.3770.48401262984278
4.75-6.130.3510.422021791811368
3.88-4.750.2990.347033682901467
3.28-3.880.2440.277048284264564
2.84-3.280.1540.172036283245383
2.5-2.8400000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.261→40.188 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.771 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1848 5.08 %random
Rwork0.202 ---
all0.204 36442 --
obs0.204 36367 96.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.981 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.82 Å2 / Biso mean: 48.775 Å2 / Biso min: 26.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.926 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.786 Å2-0 Å2
3----17.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.261→40.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5270 0 0 155 5425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0357283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0331975
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.261-2.3230.3061280.2592154228280
2.323-2.3910.2881040.2512487259192
2.391-2.4680.2731270.2462632275996
2.468-2.5560.3471610.252630279198
2.556-2.6590.2981520.2332683283599
2.659-2.780.331400.2322662280299
2.78-2.9260.3171380.2372698283699
2.926-3.1090.2861350.2412696283199
3.109-3.3490.2691670.222697286499
3.349-3.6860.2621310.2042743287499
3.686-4.2190.191400.1692770291099
4.219-5.3140.1571410.15627872928100
5.314-40.1950.2041840.1732880306499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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