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- PDB-3lz7: Crystal Structure of thioesterase HI1161 EC3.1.2.- from Haemophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lz7
タイトルCrystal Structure of thioesterase HI1161 EC3.1.2.- from Haemophilus influenzae. Orthorombic crystal form. Northeast Structural Genomics Consortium Target IR63
要素Putative esterase HI1161
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative esterase HI_1161
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.191 Å
データ登録者Kuzin, A. / Min, S. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Cooper, B. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Min, S. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Cooper, B. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target IR63
著者: Kuzin, A. / Min, S. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Cooper, B. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative esterase HI1161
B: Putative esterase HI1161
C: Putative esterase HI1161
D: Putative esterase HI1161
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2235
ポリマ－65,1174
非ポリマー1061
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.525, 71.193, 112.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative esterase HI1161


分子量: 16279.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI1161 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic
参照: UniProt: P45083, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: PEG3350 - 20%, ammonium chloride - 0.2M, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.191→50 Å / Num. obs: 53554 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SCO

1sco


解像度: 2.191→37.04 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 1438 5.05 %
Rwork0.1683 --
obs0.1716 28463 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.453 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.191→37.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 7 239 4622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0676049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5081620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1915-2.26980.23831300.17132430X-RAY DIFFRACTION90
2.2698-2.36060.26591430.17552677X-RAY DIFFRACTION99
2.3606-2.46810.24961490.172683X-RAY DIFFRACTION99
2.4681-2.59820.23471190.16782710X-RAY DIFFRACTION100
2.5982-2.76090.26341420.16042706X-RAY DIFFRACTION100
2.7609-2.9740.20581360.17262716X-RAY DIFFRACTION100
2.974-3.27310.26721500.16882712X-RAY DIFFRACTION100
3.2731-3.74630.19121550.15682746X-RAY DIFFRACTION100
3.7463-4.71840.19611520.14042766X-RAY DIFFRACTION100
4.7184-37.04490.24241620.18522879X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.954 Å / Origin y: 26.9896 Å / Origin z: 20.65 Å
111213212223313233
T0.0215 Å2-0.0181 Å20.0199 Å2-0.0417 Å20.0011 Å2--0.0538 Å2
L0.4252 °20.0816 °20.1789 °2-1.2495 °20.2246 °2--0.8769 °2
S-0.0184 Å °0.0337 Å °0.0228 Å °-0.0229 Å °0.0291 Å °-0.1773 Å °-0.0373 Å °0.1208 Å °-0.0151 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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