PDB-3lyd: Crystal structure of Putative uncharacterized protein from Jonesi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lyd

タイトル

Crystal structure of Putative uncharacterized protein from Jonesia denitrificans

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown function / Jonesia denitrificans / PSI-2 / MCSG / GEBA / genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Lipoprotein LpqN/LpqT-like / Probable lipoprotein LpqN / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / DUF1795 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Jonesia denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Bearden, J. / Wu, D. / Eisen, J. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Putative uncharacterized protein from Jonesia denitrificans
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Bearden, J. / Wu, D. / Eisen, J. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lyd.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lyd.ent.gz	70.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2anv-d 4dx3-d 4fzr-d 6kih-7 3tpl-1 4ae6-2 5cwu-3 3n0w-2 6mm7-1 5tuk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC37305

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.551, 70.879, 99.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 18086.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Jonesia denitrificans (バクテリア) 株: ATCC 14870 / DSM 20603 / CIP 55134 / 遺伝子: Jden_0139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C7QYG7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97962 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97962 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 54838 / Num. obs: 52288 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 47.1
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 2322 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.384 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19198	2660	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16426	-	-	-
all	0.16567	52205	-	-
obs	0.16567	52205	98.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.755 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2493	0	6	480	2979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.926	3880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.96	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.936	23.185	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.795	15	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.372	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.022	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.825	1.5	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.441	2	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.193	3	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.35	4.5	996
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	148	-
R_work	0.229	3246	-
obs	-	3394	87.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3502	0.6291	-0.8543	0.8639	-0.4273	1.4765	0.0079	0.0048	0.004	-0.0527	0.0286	-0.0037	0.1512	0.0077	-0.0365	0.0376	0.007	-0.0138	0.0211	-0.0108	0.0125	17.8422	17.4352	10.1763
2	2.1382	0.3824	0.3931	0.8526	-0.0134	0.5235	-0.0777	-0.0195	0.2687	-0.033	0.0314	-0.0798	-0.0124	0.0361	0.0463	0.0156	0.0073	-0.0103	0.0122	-0.0115	0.0566	28.3039	32.9221	7.6098
3	2.3799	3.1003	0.5391	4.8265	0.115	0.58	0.054	-0.1652	0.1818	0.1406	-0.0601	0.3015	-0.0299	-0.1055	0.0062	0.0799	0.0314	0.0076	0.1456	-0.0038	0.1492	9.7612	41.1777	6.606
4	0.2084	0.4141	0.0025	1.5181	0.233	0.6282	-0.0428	-0.0209	0.0093	-0.1078	0.0252	-0.0331	-0.0701	-0.0579	0.0177	0.0367	0.0099	-0.0239	0.0276	-0.0039	0.0302	17.4188	38.0991	1.5481
5	1.7365	1.4077	-0.1242	7.1032	0.4571	1.1012	-0.0239	0.0658	0.1343	-0.476	0.0752	-0.2048	-0.1048	0.0946	-0.0513	0.0402	-0.0091	0.0221	0.028	0.0003	0.0282	26.0441	34.1096	-3.5916
6	0.4347	0.187	0.1094	0.5809	-0.1362	0.5746	0.0018	-0.002	0.0289	-0.0481	0.0332	-0.0311	0.1764	0.0412	-0.0349	0.0599	0.0098	-0.0064	0.0376	-0.0131	0.0397	24.0413	18.2478	11.7813
7	1.1678	-0.4441	-0.2116	0.1899	0.1056	0.5442	-0.0037	-0.0758	-0.0423	0.0043	-0.0027	0.0305	0.0779	-0.048	0.0064	0.0289	-0.0122	-0.0087	0.0599	-0.008	0.0232	5.6842	21.6357	21.71
8	5.2049	-2.9503	-3.1352	1.677	1.7648	2.7121	0.3528	0.1246	0.4512	-0.1729	-0.0396	-0.2355	-0.2494	0.0386	-0.3132	0.1307	0.0191	0.0784	0.0879	0.0098	0.2187	18.0663	36.6592	29.2909
9	0.8063	-0.0712	-0.3175	0.637	0.2038	0.9704	0.0353	0.0381	0.0618	0.0594	-0.0194	0.0205	0.0121	-0.0996	-0.0159	0.0283	0.0079	-0.0062	0.0304	-0.0005	0.0126	14.2581	27.3706	30.6589
10	2.2033	-0.9193	-1.492	1.6135	0.8136	1.8853	-0.0832	-0.1249	-0.0659	0.1402	0.0434	0.0476	0.2305	-0.0782	0.0398	0.053	-0.023	-0.004	0.0513	0.0058	0.0068	9.7188	17.1488	31.3239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	137 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 23
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	24 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 77
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	78 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	137 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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