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- PDB-3lyd: Crystal structure of Putative uncharacterized protein from Jonesi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lyd | ||||||
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Title | Crystal structure of Putative uncharacterized protein from Jonesia denitrificans | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | Structural Genomics / Unknown function / Jonesia denitrificans / PSI-2 / MCSG / GEBA / genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Lipoprotein LpqN/LpqT-like / Probable lipoprotein LpqN / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Volkart, L. / Bearden, J. / Wu, D. / Eisen, J. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Putative uncharacterized protein from Jonesia denitrificans Authors: Chang, C. / Volkart, L. / Bearden, J. / Wu, D. / Eisen, J. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 87.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 72 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 455.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18086.498 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Aug 12, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97962 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. all: 54838 / Num. obs: 52288 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 47.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.48 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 2322 / % possible all: 88.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 11.755 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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