PDB-3lx7: Crystal structure of a Novel Tudor domain-containing protein SGF29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lx7

タイトル

Crystal structure of a Novel Tudor domain-containing protein SGF29

要素

SAGA-associated factor 29 homolog

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / SAGA / Tudor / Nucleus / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

SAGA-type complex / establishment of protein localization to chromatin / ATAC complex / SAGA complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of RNA splicing / regulation of cell division / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Bian, C.B. / Xu, C. / Tempel, W. / Lam, R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Sgf29 binds histone H3K4me2/3 and is required for SAGA complex recruitment and histone H3 acetylation.
著者: Bian, C. / Xu, C. / Ruan, J. / Lee, K.K. / Burke, T.L. / Tempel, W. / Barsyte, D. / Li, J. / Wu, M. / Zhou, B.O. / Fleharty, B.E. / Paulson, A. / Allali-Hassani, A. / Zhou, J.Q. / Mer, G. / ...

履歴

登録	2010年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lx7.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lx7.ent.gz	53.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3me9SC 3meaC 3metC 3meuC 3mevC 3mewC 3mp1C 3mp6C 3mp8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ezr-d 2yfw-2 6atg-1 6wee-3 3pjl-d 7jmz-d 5ree-d 1qx5-2 4z9i-d 4nzd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAGA-associated factor 29 homolog

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAGA-associated factor 29 homolog

ヘテロ分子

A: SAGA-associated factor 29 homolog

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.802, 51.290, 44.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	SAGA-associated factor 29 homolog / Coiled-coil domain-containing protein 101 分子量: 19750.080 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 138-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC101, SGF29 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96ES7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.34 % / Mosaicity: 0.432 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 0.2M potassium sodium tartrate, 2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 13275 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 2.367 / Net I/av σ(I): 26.236 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.77-1.8	2	0.301	427	1.337	1	59.5
1.8-1.83	2.2	0.234	465	1.106	1	65.6
1.83-1.87	2.4	0.225	565	1.294	1	76.5
1.87-1.91	2.7	0.212	584	1.427	1	80.7
1.91-1.95	3	0.202	625	1.304	1	87.2
1.95-1.99	3.1	0.185	651	1.373	1	90.7
1.99-2.04	3.2	0.161	689	1.556	1	93.6
2.04-2.1	3.3	0.142	691	1.848	1	96.9
2.1-2.16	3.4	0.132	711	1.85	1	98.2
2.16-2.23	3.4	0.123	722	1.861	1	99
2.23-2.31	3.6	0.124	723	2.012	1	99.7
2.31-2.4	3.7	0.113	723	2.09	1	99.9
2.4-2.51	3.7	0.098	748	2.104	1	100
2.51-2.64	3.7	0.089	729	2.344	1	100
2.64-2.81	3.8	0.078	720	2.511	1	100
2.81-3.03	3.7	0.069	732	3.054	1	99.6
3.03-3.33	3.7	0.061	722	3.412	1	99.3
3.33-3.81	3.6	0.051	714	3.326	1	96.4
3.81-4.8	3.4	0.043	629	3.241	1	85.9
4.8-50	3.4	0.049	705	4.944	1	91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ME9

3me9

解像度: 1.78→25.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 6.169 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2451	667	5 %	RANDOM
R_work	0.20647	-	-	-
obs	0.20848	12587	91.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.679 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→25.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1113	0	9	45	1167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	769
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.971	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.881	3	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.207	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.82	23.654	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.647	15	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.132	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.897	1.5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.237	1.5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.649	2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.558	3	433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.253	4.5	415
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.436	33	0.256	616	0.264	1065	60.939	0.213
1.826-1.876	0.303	37	0.243	732	0.246	1047	73.448	0.206
1.876-1.93	0.289	43	0.234	768	0.237	994	81.59	0.193
1.93-1.989	0.184	40	0.219	845	0.217	979	90.398	0.171
1.989-2.054	0.264	45	0.201	853	0.204	968	92.769	0.17
2.054-2.126	0.195	37	0.179	844	0.18	906	97.241	0.155
2.126-2.206	0.184	48	0.19	831	0.189	892	98.543	0.17
2.206-2.295	0.227	41	0.179	803	0.181	845	99.882	0.158
2.295-2.397	0.185	42	0.201	810	0.2	854	99.766	0.182
2.397-2.513	0.303	36	0.222	749	0.226	785	100	0.204
2.513-2.648	0.283	37	0.203	696	0.207	734	99.864	0.192
2.648-2.807	0.17	38	0.213	675	0.211	713	100	0.207
2.807-2.999	0.234	44	0.212	628	0.213	674	99.703	0.21
2.999-3.237	0.26	40	0.211	579	0.214	622	99.518	0.219
3.237-3.541	0.259	23	0.206	535	0.208	566	98.587	0.216
3.541-3.953	0.28	25	0.191	475	0.196	530	94.34	0.209
3.953-4.551	0.198	17	0.169	379	0.17	470	84.255	0.184
4.551-5.542	0.262	17	0.184	329	0.188	390	88.718	0.206
5.542-7.707	0.31	17	0.242	290	0.246	314	97.771	0.282
7.707-30	0.272	7	0.336	150	0.333	190	82.632	0.412

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.1841 Å / Origin y: 0.794 Å / Origin z: 18.4979 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.078 Å²	-0.0007 Å²	-0.0143 Å²	-	0.019 Å²	-0.0042 Å²	-	-	0.0639 Å²
L	4.3582 °²	1.0746 °²	-0.8022 °²	-	1.4668 °²	-0.2196 °²	-	-	1.2382 °²
S	-0.0438 Å °	0.2065 Å °	-0.0701 Å °	-0.0415 Å °	0.0773 Å °	0.0681 Å °	-0.0087 Å °	-0.1309 Å °	-0.0334 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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