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- PDB-3lwe: The crystal structure of MPP8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lwe
タイトルThe crystal structure of MPP8
要素M-phase phosphoprotein 8
キーワードCELL CYCLE / mpp8 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ANK repeat / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / nucleosome / chromatin binding ...: / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / nucleosome / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeat ...Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
M-phase phosphoprotein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Li, Z. / Li, Z. / Ruan, J. / Xu, C. / Tong, Y. / Pan, P.W. / Tempel, W. / Crombet, L. / Min, J. / Zang, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural basis for specific binding of human MPP8 chromodomain to histone H3 methylated at lysine 9.
著者: Li, J. / Li, Z. / Ruan, J. / Xu, C. / Tong, Y. / Pan, P.W. / Tempel, W. / Crombet, L. / Min, J. / Zang, J.
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M-phase phosphoprotein 8
B: M-phase phosphoprotein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6892
ポリマ－14,6892
非ポリマー00
水1,20767
1
A: M-phase phosphoprotein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3441
ポリマ－7,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: M-phase phosphoprotein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3441
ポリマ－7,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: M-phase phosphoprotein 8

B: M-phase phosphoprotein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6892
ポリマ－14,6892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x-y,x-1,z-1/61
Buried area1020 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.665, 50.665, 123.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細MONOMER

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要素

#1: タンパク質 M-phase phosphoprotein 8 / Two hybrid-associated protein 3 with RanBPM / Twa3


分子量: 7344.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPHOSPH8, MPP8 / プラスミド: pET28A-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)_V2R / 参照: UniProt: Q99549
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25%PEG400, 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 11280 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.167 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.0911.20.8535511.077199.6
2.09-2.1211.30.7295891.017199.7
2.12-2.1611.30.545361.041199.6
2.16-2.2111.40.4865581.055199.3
2.21-2.2611.30.4215631.228199.8
2.26-2.3111.40.4045861.024199.8
2.31-2.3711.40.3225311.041199.8
2.37-2.4311.40.2935700.979199.7
2.43-2.511.40.2495571.009199.8
2.5-2.5811.40.2215580.99199.6
2.58-2.6811.40.1825761.088199.8
2.68-2.7811.40.1475491.06199.6
2.78-2.9111.40.1135661.052199.6
2.91-3.0611.40.0885571.184199.8
3.06-3.2511.30.0765731.3221100
3.25-3.5111.30.0685661.6961100
3.51-3.8611.30.0595681.831100
3.86-4.42110.0455661.5061100
4.42-5.56110.0345750.9781100
5.56-5011.10.0365851.172199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.51 Å25.35 Å
Translation2.51 Å25.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DM1

3dm1


解像度: 2.05→43.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.269 / WRfactor Rwork: 0.212 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.811 / SU B: 4.47 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / SU Rfree: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 537 4.8 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 11249 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.06 Å2 / Biso mean: 36.832 Å2 / Biso min: 21.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.29 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数986 0 0 67 1053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9641364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3915120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98925.76952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.17115198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.161154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1151.5598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0212965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1723416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2864.5399
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 38 -
Rwork0.25 792 -
all-830 -
obs--99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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