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- PDB-3lw0: IGF-1RK in complex with ligand MSC1609119A-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lw0
タイトルIGF-1RK in complex with ligand MSC1609119A-1
要素Insulin-like growth factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


insulin-like growth factor receptor activity / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / protein transporter activity / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity ...insulin-like growth factor receptor activity / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / protein transporter activity / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / dendritic spine maintenance / insulin binding / regulation of JNK cascade / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / SHC-related events triggered by IGF1R / phosphatidylinositol 3-kinase binding / negative regulation of MAPK cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to glucose stimulus / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to amyloid-beta / insulin receptor signaling pathway / protein autophosphorylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / signaling receptor complex / cilium / immune response / positive regulation of cell migration / axon / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CCX / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Graedler, U. / Heinrich, T. / Boettcher, H. / Blaukat, A. / Shutes, A. / Askew, B.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Allosteric IGF-1R Inhibitors.
著者: Heinrich, T. / Gradler, U. / Bottcher, H. / Blaukat, A. / Shutes, A.
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
B: Insulin-like growth factor 1 receptor
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,33214
ポリマ－138,4314
非ポリマー3,90110
水18,8981049
1
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5373
ポリマ－34,6081
非ポリマー9292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6294
ポリマ－34,6081
非ポリマー1,0213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6294
ポリマ－34,6081
非ポリマー1,0213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5373
ポリマ－34,6081
非ポリマー9292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.346, 189.346, 115.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Insulin-like growth factor 1 receptor / IGF-1 RECEPTOR KINASE / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor / Insulin-like ...IGF-1 RECEPTOR KINASE / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor / Insulin-like growth factor 1 receptor alpha chain / Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain


分子量: 34607.758 Da / 分子数: 4 / 断片: PROTEIN KINASE, UNP residues 983-1286 / 変異: E1097A, E1099A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CCX / 3-cyano-N-{1-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperidin-4-yl}-1H-indole-7-carboxamide / 3-Cyano-1H-indole-7-carboxylic acid {1-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)-butyl]-piperidin-4-yl}-amide


分子量: 464.562 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N6O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % / 解説: NONE
結晶化pH: 0 / 詳細: pH 0.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→20 Å / Num. obs: 9614 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 11.72
反射 シェル解像度: 1.79→1.87 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 9614 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JQH

1jqh


解像度: 1.79→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 4956 3.4 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs-9614 --
原子変位パラメータBiso mean: 12.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9368 0 292 1049 10709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.99113522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.205320990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70451208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25824.123456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.439151738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5791568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.28409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.24885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0710.24964
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0470.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0750.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7727732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2422416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90939650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.15144879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.48263872
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8345-0.45970.31445.874-0.67961.58710.05890.01590.4580.01050.03280.4253-0.0767-0.2392-0.0917-0.046-0.01190.0277-0.04950.03180.097-3.098-14.96-62.207
22.27620.1882-0.56411.4116-0.44321.9242-0.01320.02120.051-0.04090.02850.01280.0081-0.0704-0.0154-0.09770.0045-0.0145-0.1360.0037-0.1375-3.992-37.655-50.315
32.11820.69410.36412.4802-0.72995.62920.1376-0.124-0.25760.3846-0.1260.00060.4043-0.1822-0.01160.0934-0.0528-0.0342-0.0215-0.0063-0.0607-9.112-52.9626.239
41.39470.0108-0.27952.52130.58161.6976-0.0036-0.0202-0.04530.0533-0.04070.0350.0142-0.04620.0442-0.12710.00560.0046-0.09670.008-0.1439-6.386-55.579-19.106
55.56761.04390.5841.77040.60432.97510.0625-0.16220.06620.1713-0.20560.2946-0.0462-0.50370.1432-0.0383-0.0142-0.00560.0654-0.0815-0.025-35.998-27.656-8.639
61.44730.0042-0.31332.47880.62091.68990.02520.0038-0.0240.0762-0.02240.03540.0089-0.046-0.0027-0.1296-0.0122-0.0104-0.11960.0153-0.1204-16.721-12.418-1.245
73.45841.50361.62383.20120.25243.5616-0.1270.35580.1548-0.44810.1810.13550.108-0.1586-0.0540.0224-0.0903-0.02810.00950.0321-0.02595.382-40.997-91.125
82.17970.1894-0.57011.3447-0.44342.04890.03170.04530.0647-0.0334-0.00830.03650.004-0.0458-0.0235-0.13170.0019-0.0157-0.1214-0.0129-0.115628.222-30.914-85.083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A983 - 1081
2X-RAY DIFFRACTION2A1082 - 1286
3X-RAY DIFFRACTION3B983 - 1081
4X-RAY DIFFRACTION4B1082 - 1286
5X-RAY DIFFRACTION5C983 - 1081
6X-RAY DIFFRACTION6C1082 - 1286
7X-RAY DIFFRACTION7D983 - 1081
8X-RAY DIFFRACTION8D1082 - 1286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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