PDB-3lsk: Pyranose 2-oxidase T169S acetate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lsk

タイトル

Pyranose 2-oxidase T169S acetate complex

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / T169S mutant / acetate complex / closed state / Rossmann fold / PHBH fold / homotetramer / covalently bound FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Divne, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: H-bonding and positive charge at the N5/O4 locus are critical for covalent flavin attachment in trametes pyranose 2-oxidase.
著者: Tan, T.C. / Pitsawong, W. / Wongnate, T. / Spadiut, O. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Divne, C.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lsk.cif.gz	925.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lsk.ent.gz	767 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lshC 3lsiC 3lsmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4c-d 4mof-1 4mop-d 4mol-d 3k4l-1 4moo-1 4mor-d 3k4b-1 4mog-1 2f6c-1 2igk-2 3lsm-1 1tzl-2 3bg7-1 3pl8-1 2ign-2 3fdy-1 2igk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

C: Pyranose 2-oxidase

D: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

284 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.256, 102.454, 136.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69399.758 Da / 分子数: 4 / 変異: T169S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 0.05M MgCl2, 6% (w/v)% monomethylether PEG 2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.038
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.038 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→38.7 Å / Num. obs: 198647 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.158 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.772 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
FFT		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
FFT		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 9.442 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	2008	1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.196	196612	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	0.54 Å²
2-	-	0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18139	0	313	1909	20361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	18919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	16474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.004	1.961	25683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.095	3	38467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.453	5	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.978	24.477	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.445	15	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.754	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	20891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.049	1.5	11502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.335	1.5	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	2	18671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.694	3	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.053	4.5	7012
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.06 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	320	-
R_work	0.242	28694	-
obs	-	-	99.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.225	0.0144	0.0557	0.2036	0.0624	0.2361	-0.0053	-0.0256	0.0333	0.0118	0.0057	-0.0482	-0.0161	-0.0173	-0.0004	0.0797	-0.0014	-0.0304	0.0064	-0.0012	0.0751	26.376	51.178	129.286
2	0.9019	-0.0494	0.2618	1.5937	0.2261	0.6524	0.0153	-0.0187	-0.1485	0.1407	0.0586	-0.2273	0.1053	0.0491	-0.0738	0.0594	0	-0.0373	0.0211	-0.0104	0.1259	49.875	36.832	119.344
3	0.275	-0.1549	-0.1573	0.3574	0.2006	0.462	0.0113	-0.0014	0.0832	0.0141	0.0178	-0.0385	-0.0564	-0.0052	-0.029	0.0632	-0.0027	-0.0372	0.0025	0.0026	0.0855	26.392	59.101	122.723
4	0.1727	0.0113	-0.0365	0.2049	-0.0584	0.2925	-0.0095	-0.0208	-0.0335	0.035	-0.004	-0.024	0.0257	0.0027	0.0135	0.0889	-0.0036	-0.0397	0.012	0.0001	0.0569	20.196	18.172	133.103
5	1.0296	-1.0223	0.0264	1.3912	-0.2202	0.5701	0.001	0.0238	0.0036	0.0265	0.0123	0.057	-0.0413	-0.0463	-0.0133	0.0802	-0.0057	-0.019	0.0431	0.0056	0.0556	-7.818	33.753	120.769
6	0.2295	-0.0501	0.1573	0.2681	-0.1355	0.3095	0.0188	0.0065	-0.0405	-0.001	-0.0184	-0.0417	0.0473	0.0061	-0.0004	0.0809	-0.0053	-0.0308	0.0067	0.0007	0.053	17.702	10.398	126.983
7	0.208	-0.0111	0.0161	0.2891	0.1283	0.4028	0.0146	0.0851	-0.0268	-0.0931	-0.0351	-0.0025	-0.0151	-0.0482	0.0205	0.1067	0.0061	-0.0329	0.1045	-0.0124	0.0209	3.914	27.896	77.806
8	0.8751	-0.5214	0.3056	1.2222	0.0731	0.3854	0.0165	0.1011	-0.027	-0.1403	-0.0002	-0.1079	0.0899	0.0136	-0.0164	0.1304	-0.0127	-0.0012	0.051	-0.0349	0.0515	13.816	5.155	89.012
9	0.3105	-0.155	0.2523	0.299	-0.0822	0.7241	-0.0027	0.0897	-0.0271	-0.0748	-0.0345	0.0431	-0.0398	-0.1075	0.0371	0.0898	-0.0022	-0.0448	0.0922	-0.0224	0.0287	-4.6	29.646	83.362
10	0.384	0.0148	-0.0173	0.365	0.0005	0.3012	0.0072	0.1773	-0.0259	-0.1346	-0.0128	-0.1174	0.0142	0.0539	0.0055	0.0961	0.0141	0.0373	0.1202	-0.0117	0.0417	37.083	31.715	75.127
11	2.2976	-1.4289	0.4387	1.694	-0.3275	0.7639	-0.0571	0.1583	0.073	-0.0752	-0.0024	-0.0185	-0.1236	-0.0779	0.0594	0.1469	-0.0118	-0.0103	0.1051	0.0414	0.0317	24.207	61.037	84.82
12	0.378	-0.116	-0.0553	0.5069	0.1105	0.3619	-0.0153	0.1362	-0.0418	-0.0855	-0.0006	-0.1589	0.0223	0.0822	0.016	0.0784	-0.0015	0.0402	0.0927	-0.0097	0.0777	44.931	33.06	81.075

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 388
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	389 - 461
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	462 - 618
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	43 - 370
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	371 - 461
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	462 - 618
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	45 - 393
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	394 - 461
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	462 - 619
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	45 - 374
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	375 - 461
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	462 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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