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- PDB-3ls8: Crystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morphol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ls8
タイトルCrystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morpholinyl)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]-phenol
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードTRANSFERASE / ALPHA/BETA PROTEIN / PIK3C3 / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / Compound 15e / STRUCTURAL GENOMICS / SGC STOCKHOLM / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / INHIBITOR / PHOSPHATIDYLINOSITOL
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / postsynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / presynaptic endosome / positive regulation of protein lipidation / host-mediated activation of viral genome replication ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / postsynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / presynaptic endosome / positive regulation of protein lipidation / host-mediated activation of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / pexophagy / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Macroautophagy / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autolysosome / synaptic vesicle endocytosis / PI3K Cascade / axoneme / autophagosome assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome maturation / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / autophagosome / regulation of cytokinesis / GABA-ergic synapse / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / autophagy / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / late endosome / peroxisome / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / protein kinase activity / endosome / regulation of autophagy / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / glutamatergic synapse / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AJZ / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kraulis, P. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Van den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morpholinyl)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]-phenol
著者: Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, ...著者: Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kraulis, P. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Van den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2010年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0979
ポリマ－140,2362
非ポリマー8617
水4,684260
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5955
ポリマ－70,1181
非ポリマー4764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5024
ポリマ－70,1181
非ポリマー3843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.686, 141.151, 163.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / ...PtdIns-3-kinase type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit


分子量: 70118.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 268-879 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-AJZ / 3-(4-morpholin-4-ylthieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)phenol


分子量: 313.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N3O2S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→70.9 Å / Num. all: 68403 / Num. obs: 68403 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.439 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 9539 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IHY

3ihy


解像度: 2.25→70.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 13.439 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 3491 5.1 %RANDOM
Rwork0.20862 ---
obs0.21078 64837 99.26 %-
all-64837 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.91 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→70.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8713 0 54 260 9027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.98712117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8533.00115095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.88551086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53624.729425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.879151668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0251552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3761.55378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0761.52142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73728729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25133573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0464.53377
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 257 -
Rwork0.297 4428 -
obs-4685 93.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6392-2.0588-1.2474.6843-0.40674.9208-0.3533-0.2829-0.52280.12150.12280.10550.2255-0.20870.23060.1693-0.00170.08740.13220.04310.1253-34.478914.23271.8436
21.79470.5781-1.29591.6054-1.15363.4825-0.0217-0.1641-0.10250.1823-0.046-0.11020.04270.14620.06770.03480.0104-0.02450.1013-0.03280.091-10.963625.346-19.9134
31.63690.2587-0.51357.7922-0.86743.09360.00750.15540.1466-0.29570.0923-0.4191-0.16430.1298-0.09980.0267-0.01980.01910.1256-0.04030.0897-12.39938.1405-43.3727
41.9003-0.16430.29780.4404-0.5521.6290.0326-0.05970.1187-0.00060.0380.1015-0.1113-0.1738-0.07060.02860.00320.02530.0489-0.0240.097-38.476535.391-29.9197
512.2094-2.6535-0.25426.92251.51633.9659-0.427-2.2330.04151.94050.6382-0.53690.42760.3317-0.21121.16770.1533-0.17760.8765-0.12240.312-37.050186.67875.9411
62.7185-0.38440.13353.87440.35025.5254-0.0184-0.38630.05830.83210.1289-0.0314-0.1917-0.0373-0.11060.30690.04190.04020.13180.02820.1143-48.487183.2751-15.0353
70.9984-0.8981-0.22512.13810.3990.99670.10320.08550.0665-0.11930.0019-0.1686-0.0118-0.0647-0.10510.1211-0.0190.01610.05970.0550.1675-38.210372.1675-36.3346
82.9599-0.8641-1.09111.57060.51292.9184-0.1181-0.4086-0.05680.56460.4293-0.83080.36780.4588-0.31120.39410.1129-0.30540.2042-0.20040.6042-21.381570.7328-17.6341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A282 - 361
2X-RAY DIFFRACTION2A362 - 562
3X-RAY DIFFRACTION3A563 - 639
4X-RAY DIFFRACTION4A640 - 871
5X-RAY DIFFRACTION5B296 - 353
6X-RAY DIFFRACTION6B354 - 510
7X-RAY DIFFRACTION7B511 - 767
8X-RAY DIFFRACTION8B768 - 871

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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